| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 1044913 = | 1 (0.010) | 140 (1.060) | 121/494 | 0.0 | 67.8% | intergenic (+336/+114) | CYL77_05015/CYL77_05020 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | 2793967 = | 132 (1.000) | intergenic (‑388/+10) | CYL77_13260/CYL77_13265 | LysR family transcriptional regulator/diaminopimelate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CGCATCGTAACCGCTGCAAATGGTCAAGAGACCGAAACCGAAGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP025533/1045161‑1044913‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCCACCGTGTGGC > CP025533/2793967‑2794214 CGCATCGTAACCGCTGCAAATGGTCAAGAGACCGAAACCGAAGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGC > 2:582415/1‑249 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ACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGT < 1:1190455/249‑1 TTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTT > 1:1181476/1‑249 CCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCG < 1:403471/249‑1 TTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCA < 1:117132/249‑1 TTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAG > 1:951002/1‑249 GGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTT < 2:936123/249‑1 AAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGn > 1:872186/1‑248 AAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGA < 2:826472/249‑1 ATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGG < 1:582415/249‑1 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GGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGT > 2:157904/1‑249 TTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCA < 1:790342/249‑1 TTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCA > 2:1294105/1‑249 GTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGG < 1:691593/249‑1 GTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGG > 2:1052747/1‑249 TTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGT < 2:1052217/249‑1 nnTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGG < 1:1302350/247‑1 TCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTT > 1:1276556/1‑249 CCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAn > 1:1274480/1‑248 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CATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCC > 1:841456/1‑249 CATGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGACC > 2:225522/1‑249 TGAGTTCGCTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCCAC < 1:163175/249‑1 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CGCATCGTAACCGCTGCAAATGGTCAAGAGACCGAAACCGAAGATATTGAGGTGAAGCTTTCCTTCCCCACCGAGTCTTCCCAAGGCCTAGTGTTCACTCAGGTCACCGTCGATGGACAGGTTCTCTTCCTCTAATCCTCCATAATTAGAGAGCGTAAGGCCCCTACTTCCTGTTTTAGGAAATAGGGGCCTTTTGTTGTCTTCTCCTGGAGGCTATTTAAGAAGTTTAAATTGTGTCCATGAGTTCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP025533/1045161‑1044913‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCGAGCTAAATTAGACGTCGCGTGCGATCAGATCGTCCAAGTTCTCTGGGGAGAGCAGGTATGGAGCAACTTCGAGGACGGTGAAAGCTCCGCTTTGGCCCTGCTGCTTCATGCGGTGAGCTGCGCGACCGAAAGCGATCTGTGAGGAAGCGGTGAAATCTGGGTTTCGGTCCAGCTTGAGGATGTATTCCACGGTGTGGTTGAAGCCACCGGTGTCGCCGGTGGTAATCACGTGGCCACCGTGTGGC > CP025533/2793967‑2794214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |