Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP025533 | 2,084,509 | 0 | G | T | 49.8% | 9.8 / inf | 253 | intergenic (‑11/+190) | dapA/CYL77_09945 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/thymidylate synthase (FAD) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/68); new base T (59/67); total (118/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CAACTTCCTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTAGCTCGTGGGTGTGAGCTTTGCGTTAAAAGTCCATGACATACGGGCTTGTTGCCATTTGCGATCCGTCTGCCAAAGTTTCAA > CP025533/2084261‑2084757 | aCTTCCTCACGAACGGCCTCGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCAACAGTGGTGCGCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATAAACAAAATAAGCAGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATACCGATGTCGCCGGATTCCGTGAAGGGAGTAACCATTGCTAATCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTAATAGAGTTCAAGGtt < 2:740784/249‑1 (MQ=255) cTCACGAACGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCAACTCCAACGGTGCCAAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGCTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACctt > 1:410615/1‑249 (MQ=255) aCGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCt < 2:274979/249‑1 (MQ=255) cGGCCTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTc < 1:602930/249‑1 (MQ=255) cTTGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑ttt > 1:289560/1‑249 (MQ=255) ttGAGCAGTTCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑tttt > 1:92508/1‑248 (MQ=255) ttCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTa < 2:75377/249‑1 (MQ=255) ttCTAGTTTTTCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTaa > 1:854780/1‑249 (MQ=255) tCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTAAACAACCCCg < 1:483054/249‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGc < 2:1013890/249‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCa > 1:325039/1‑249 (MQ=255) aGCGGCGGTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCa < 1:404718/249‑1 (MQ=255) ggcggTTGTCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCaaaa > 1:1141154/1‑249 (MQ=255) 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tCGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTaac > 1:757036/1‑249 (MQ=255) cGTTGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCATTTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTaaca > 1:1095886/1‑249 (MQ=255) ttGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACt < 1:523507/249‑1 (MQ=255) tGGGGATTCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACtt > 2:146505/1‑249 (MQ=255) tCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATa < 1:322095/249‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGTGCCCGCGAGAACCAAAGAATCCAAGCCCTTATCAACCAAATAAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATa < 1:875777/249‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |