| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP025533 | 653,740 | C→T | D187D (GAC→GAT) | CYL77_03250 → | error‑prone DNA polymerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP025533 | 653,740 | 0 | C | T | 99.3% | 602.7 / ‑3.0 | 148 | coding (561/3168 nt) | CYL77_03250 | error‑prone DNA polymerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (74/73); minor base . (1/0); total (75/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TTTGCGGAAGCTGCCGCGGAAGCTGGAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGACAAAATCGACTATGTGATCGATTGCTTTAAACCGGAAAATATTGTGCTGGAATTCGGTTCAACCATGACACCGGAAGACGCCGACCGCAATGAATACCTCAGAAGAACGCAAGCCAAATTCCAGCTTCGAGGCATCCTAAGCACCAACCCAGAATCCGCTGCCCGGGGGAGCGTGCGGCTTGCCGGCGCCAAGCAGGCACTAGCCCGCAAGATGCCGCTTGCCGACGCCGAAAGCGAGCTACATCC > CP025533/653498‑653985 | gCGGAAGCTGCCGCGGAAGCTGGAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGAc > 2:588639/1‑249 (MQ=255) 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aaGCTGCCGCGGAAGCTGGAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTAtg < 1:1125890/249‑1 (MQ=255) gCCGCGGAAGCTGGAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTATGTGATc < 1:556718/249‑1 (MQ=255) ccGCGGAAGCTAGAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTATGTGATCg < 1:200235/249‑1 (MQ=255) 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ggAATGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTATGTGATCGATTGCTTTaaa > 1:1158927/1‑249 (MQ=255) aaTGCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTATGTGATCGATTGCTTTAAAcn > 2:343027/1‑248 (MQ=255) gCATACCGTTTATGGTGCGGAGCTGAGTCTGCAAGAAGGCGTGTTGACAGTCTTGTGTAAAAATCCGGAAGGCTACAAAAAGCTCAGTCACCTGATCAGTGACGCGAAAATGGCAACGGGAGAAAAGGGGGAAGTTCGCTATCCGCCGCTGCCAATGGTTGCTGAACATGCTGCAGGGGATTGGGTGGTCCTTGCAGGTTTTCAGTGGTTGGATAAAATCGACTATGTGATCGATTGCTTTAAACCGGa < 1:855840/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |