| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP025533 | 199,027 | G→C | E686Q (GAA→CAA) | CYL77_00990 → | glutamate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP025533 | 199,027 | 0 | G | C | 99.3% | 589.3 / ‑3.1 | 149 | E686Q (GAA→CAA) | CYL77_00990 | glutamate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (81/67); total (82/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CGAGGTTTCTGAAGCAATCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTGAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGATCTTTCTTTGGATGAGGCATCCCGAAACTACATCAAGGCAGCCACCACTGGTGTGCTGAAGGTGATGTCCAAGATGGGCATTGCAACGGTGTCTTCGTACCGTGGCGCGCAGCTTGCCGATGTCACTGGTCTGCACCAGGATCTCCTGGACAACTACTTCGGTGGTATTGCTTCACCAATTTCTGGCATCGGTCTGGATGAAGTT > CP025533/198783‑199272 | cgAGGTTTCTGAAGCAATCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAAc > 2:1150777/1‑249 (MQ=255) gAGGTTTCTGAAGCAATCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAAcc > 2:358453/1‑249 (MQ=255) tCTGAAGCAATCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGAt < 1:951112/249‑1 (MQ=255) cTGAAGCAATCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATg > 1:860184/1‑249 (MQ=255) tCCGCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCa < 2:1310488/249‑1 (MQ=255) gCAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGa < 2:485019/249‑1 (MQ=255) cAATGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGan > 2:197264/1‑248 (MQ=255) aaTGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCACCCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAg > 2:340238/1‑249 (MQ=255) aTGGCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCTCATTGTACCTACCCCTGCGCTGCTGCTGACTCCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAgg < 1:559930/249‑1 (MQ=255) gCAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTc < 1:46836/249‑1 (MQ=255) cAAGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCa < 2:224932/249‑1 (MQ=255) aaGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAg > 1:1247650/1‑249 (MQ=255) aaGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAg < 2:784812/249‑1 (MQ=255) aaGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAg > 1:428894/1‑249 (MQ=255) aGACGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGt > 1:1037691/1‑249 (MQ=255) aCGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTCGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTg < 1:600624/249‑1 (MQ=255) cGTTGATCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTgg > 1:734076/1‑249 (MQ=255) gctagTGCTGTCGGAACGTGAATCCGATGAGCGCATGGCACCTCTCCCTGCGCTGCTTCTTACTTCCGCTGTGCATAAGTACTTGATGCAGCAACGTACCCGTGACCAGTGCTCCCTGGTGGTGCAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCTTCACCTGGCTATGCTCATTGGTTTTGGTGGCGATGCGATCAGCCCGTACATGGCATTTCGATCCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGa < 2:51634/245‑1 (MQ=255) tCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGAtc < 1:246072/249‑1 (MQ=255) tCGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGAtc > 1:309806/1‑249 (MQ=255) cGTGCTGTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGAtct < 1:496669/249‑1 (MQ=255) ngTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGAtctttctt < 2:316072/248‑1 (MQ=255) gTCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGATctttcttt < 1:525429/249‑1 (MQ=255) tCGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGATCTTTCTTTg < 2:366586/249‑1 (MQ=255) cGGATCGTGAATCTGATGAGCGCATGGCACCTATCCCTGCGCTGCTGCTGACTTCCGCTGTGCATCAGTACTTGGTGCAGCAACGTACCCGTACCCAGTGCTCCCTGGTGGTGGAATCCGGCGATGCCCGCGAGGTTCATCACCTGGCGATGCTCATTGGTTTTGGTGCCGATGCGATCAACCCGTACATGGCATTTCAAACCATCGATGAGCTGCGCATGAAGGGTCAGTTGGGTGATCTTTCTTTgg < 1:85297/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |