| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM260479 | 547,839 | Δ1 bp | intergenic (‑31/+6) | glyS ← / ← h16_A0522 | Glycyl‑tRNA synthetase beta subunit/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM260479 | 547,837 | 0 | C | . | 100.0% | 142.6 / NA | 32 | intergenic (‑29/+8) | glyS/h16_A0522 | Glycyl‑tRNA synthetase beta subunit/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (16/16); total (16/16) | |||||||||||
CCTGCGCGAAGGCGTCGCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTAT‑CAACAGGTTGTAGCGCGCGCCCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGAGCAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTGCAGCGTGGTGTAGGCGCATTGCGCGGCCGCCGCG > AM260479/547712‑547947 | ccTGCGCGAAGGCGTCGCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGt > 2:305273/1‑134 (MQ=255) ggCGTCGCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGcgcg < 1:562825/134‑1 (MQ=255) cGTCGCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCgcggc > 1:339313/1‑134 (MQ=255) gCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGaaa < 1:305273/134‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGa > 2:554480/1‑130 (MQ=255) gTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCggacagc < 2:322582/134‑7 (MQ=255) aaCAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTg < 2:751709/134‑1 (MQ=255) gTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACt > 1:1030137/1‑104 (MQ=255) gTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACt < 2:1030137/104‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCgg < 2:885178/103‑2 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCgg > 1:885178/1‑102 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGc > 1:197077/1‑118 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGc < 2:372238/118‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGc < 2:197077/118‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGc > 1:372238/1‑118 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGaa > 1:599297/1‑134 (MQ=255) aTCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGaa > 1:709022/1‑134 (MQ=255) agcagcGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCg < 2:1017672/117‑1 (MQ=255) agcagcGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCg > 1:1017672/1‑117 (MQ=255) gcagcGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTGc < 2:339313/134‑1 (MQ=255) gAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTGCAGCgt < 2:599297/134‑1 (MQ=255) ggTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTg > 2:431692/1‑123 (MQ=255) ggTCATGGGTTGCGACATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTg < 1:431692/123‑1 (MQ=255) cATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCca < 1:687458/84‑1 (MQ=255) cATGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCca > 2:687458/1‑84 (MQ=255) aTGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAgcgc < 2:288449/48‑1 (MQ=37) aTGAATCGTATCCAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAgcgc > 1:288449/1‑48 (MQ=255) gtatccAACAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGGACAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTGCAGCGTGGTGTAGGCGCATTGCGCGGCCGCcgcg > 2:573234/6‑134 (MQ=255) aaCAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCAc > 1:8035/1‑55 (MQ=255) aaCAGGTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCAc < 2:8035/55‑1 (MQ=255) ggTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCgg > 2:260135/1‑55 (MQ=255) ggTTGTAGCGCGCG‑CCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCgg < 1:260135/56‑2 (MQ=255) | CCTGCGCGAAGGCGTCGCCCAGGCGCGCCAGCGCCTTGGGTGGCAGCTCTTCGGTGAACAGTTCGATCAGCAGCGAGTCGGTCATGGGTTGCGACATGAATCGTAT‑CAACAGGTTGTAGCGCGCGCCCGCTTGTCAGCAGCGCGGCGAAAGATTAGGTTCCACTCCGAGCAGCAGCCACAGGCCGTTCTGTTGCCGGAATTGCAGCGTGGTGTAGGCGCATTGCGCGGCCGCCGCG > AM260479/547712‑547947 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |