New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | 1002490 = | 20 (0.750) | 5 (0.200) | 5/192 | 1.7 | 18.7% | coding (455/1467 nt) | cafA1 | Ribonuclease G and E |
? | AM260479 | 1002530 = | 25 (1.010) | coding (415/1467 nt) | cafA1 | Ribonuclease G and E | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGAGTTCTTCGTCGGTCGCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGATCACCTGCACCATGAGTGCCTGGCCTTCGAA > AM260479/1002401‑1002662 | cGAGTTCTTCGTCGGTCGCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATg < 1:805771/134‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGTCGGTCGCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGcc > 1:1007379/1‑134 (MQ=255) ggtcgCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGt > 1:456814/1‑134 (MQ=255) tcgCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTcc < 2:456814/134‑1 (MQ=255) tcgCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTcc < 2:317338/134‑1 (MQ=255) gcctgtccacccaggtgagcatcgccgggcgcaccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctcgcagcgcatcgagggcgaagaggaccgcgaggcgctgcgAGATGCCGATATGCGGGTCCTg > 2:937999‑M2/113‑134 (MQ=255) gCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTg < 2:1007379/134‑1 (MQ=255) cTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGACGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATg > 2:798600/1‑116 (MQ=255) cTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGACGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATg < 1:798600/116‑1 (MQ=255) tGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAgg > 2:525540/1‑134 (MQ=255) gagcatcgccgggcgcaccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGTCAGGTACACCAgg < 2:776658‑M1/78‑1 (MQ=255) agcatcgccgggcgcaccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctcgcagcgcatcgagggcgaagtggaccgcgaggcgctgcgAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAggg < 1:937999‑M2/39‑1 (MQ=255) cGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAgg < 1:429125/119‑1 (MQ=255) cGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAgg > 2:429125/1‑119 (MQ=255) ccgggcgcaccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctcgcagcgcatcgagggcgaagtggaccgcgaggcgctgcgAGAt < 1:752410‑M2/4‑1 (MQ=255) ccgggcgcaccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctcgcagcgcatcgagggcgaagtggaccgcgaggcgctgcgAGAt > 2:752410‑M2/89‑92 (MQ=255) aTAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGccc > 2:1113643/1‑134 (MQ=255) tCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGa < 1:1113643/134‑1 (MQ=255) ccctggtgtacctgccgcaggacccgcatatcggcatctCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCt < 1:937999‑M1/95‑1 (MQ=255) cctggtgtacctgacgcaggacccgcatatcggcatctcgcagcgcatcgagggcgaagtggaccgcgaggcgctgcgAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTc < 2:776658‑M2/56‑1 (MQ=255) gcTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCAcc > 2:1004740/1‑134 (MQ=255) caggacccgcatatcggcatctCGCAGCGCCTCGCGGTCCTCTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGgc > 2:937999‑M1/23‑134 (MQ=255) atctCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCgg < 1:752410‑M1/88‑1 (MQ=255) atctCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCgg > 2:752410‑M1/5‑92 (MQ=255) gcgcAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGc > 1:1155165/1‑90 (MQ=255) gcgcAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGc < 2:1155165/90‑1 (MQ=255) CGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATc > 2:404559‑M1/1‑132 (MQ=255) GCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCggg < 2:1020032‑M1/134‑1 (MQ=255) GCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTcc < 2:136094‑M1/134‑1 (MQ=255) CGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCt > 1:776658‑M1/1‑134 (MQ=255) gcgGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCt > 2:1079516/1‑128 (MQ=255) gcgGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCt < 1:1079516/128‑1 (MQ=255) gcgGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGAt < 2:28335/132‑1 (MQ=255) gcgGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGAt < 1:136094/132‑1 (MQ=255) gcgGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGAt < 1:1020032/132‑1 (MQ=255) tCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGa > 2:1117274/1‑86 (MQ=255) tCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGa < 1:1117274/86‑1 (MQ=255) cccTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTc > 2:564408/1‑113 (MQ=255) cccTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTc < 1:564408/113‑1 (MQ=255) gAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGATCACCTGCACCATGAGTGCCTGGCCTTCGaa > 2:849196‑M2/2‑134 (MQ=255) | CGAGTTCTTCGTCGGTCGCTTCCTCGGCAATGGTGCGCACGATAAATCCGCCGCGCTCGTCGTCGGGCACCAGGCCCTGCACGCGGCTGCGCAGCGCCTCGCGGTCCACTTCGCCCTCGATGCGCTGCGAGATGCCGATATGCGGGTCCTGCGGCAGGTACACCAGGGTGCGCCCGGCGATGCTCACCTGGGTGGACAGGCGCGCCCCCTTGGTGCCGATCGGGTCCTTGATCACCTGCACCATGAGTGCCTGGCCTTCGAA > AM260479/1002401‑1002662 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |