Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM260480 | 293,407 | T→A | Y759N (TAC→AAC) | flhF → | Flagellar GTP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM260480 | 293,407 | 0 | T | A | 100.0% | 144.8 / NA | 38 | Y759N (TAC→AAC) | flhF | Flagellar GTP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (20/18); total (20/18) |
CGCCCGCCTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAATACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGCC > AM260480/293291‑293526 | cgcccgccTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGc < 2:817790/134‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAg > 1:1033479/1‑134 (MQ=255) aGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgcg < 1:369732/134‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCg < 2:375595/105‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCg > 1:375595/1‑105 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGcc < 2:124564/134‑1 (MQ=255) gggCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGAc > 1:1055432/1‑132 (MQ=255) gggCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGAc > 2:261244/1‑132 (MQ=255) gggCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGAc > 2:442726/1‑132 (MQ=255) cGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGcc > 1:318374/1‑133 (MQ=255) cAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCg < 2:840047/85‑1 (MQ=255) cAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCg > 1:840047/1‑85 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt < 2:1100229/77‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt > 1:1100229/1‑77 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgcg < 1:140586/96‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgcg > 2:140586/1‑96 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGcc > 1:414432/1‑98 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGcc < 2:414432/98‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATg > 2:317963/1‑134 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCa < 1:583099/87‑1 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCa > 2:583099/1‑87 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc < 2:912960/93‑1 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc > 2:943198/1‑93 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc < 1:943198/93‑1 (MQ=255) gggCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc > 1:912960/1‑93 (MQ=255) gCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTgg < 1:442726/134‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGgtg > 1:823928/1‑79 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGgtg < 2:823928/79‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGagag < 1:876425/116‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGagag > 2:876425/1‑116 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGgc > 2:123590/1‑134 (MQ=255) gCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGgcgc < 2:318374/134‑1 (MQ=255) gCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGgcgc > 1:879367/1‑134 (MQ=255) gACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGcc < 2:879367/132‑1 (MQ=255) aCGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCacga < 2:224065/125‑1 (MQ=255) aCGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCacga > 1:224065/1‑125 (MQ=255) gTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgcg < 2:307908/69‑1 (MQ=255) gTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgcg > 1:307908/1‑69 (MQ=255) | CGCCCGCCTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAATACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGCC > AM260480/293291‑293526 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |