Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AY305378 | 682 | C→A | P190T (CCG→ACG) | hoxK → | membrane‑bound [NiFe] hydrogenase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AY305378 | 682 | 0 | C | A | 100.0% | 101.7 / NA | 27 | P190T (CCG→ACG) | hoxK | membrane‑bound [NiFe] hydrogenase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (15/12); total (15/12) |
CAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCCCGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCACGA > AY305378/552‑806 | cAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACgg > 2:103/1‑134 (MQ=255) tATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGcc > 2:586862/1‑133 (MQ=255) gggTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtgatg < 1:586862/133‑1 (MQ=255) gTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtgatg > 1:117654/1‑131 (MQ=255) gTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtgatg < 2:117654/131‑1 (MQ=255) cgcATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtga < 2:556319/122‑1 (MQ=255) cgcATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtga > 1:556319/1‑122 (MQ=255) caggcagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCg > 2:753180/1‑90 (MQ=255) caggcagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCg < 1:753180/90‑1 (MQ=255) cagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGAt < 2:609897/134‑1 (MQ=255) cagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGAt > 1:609897/1‑134 (MQ=255) aaaCCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGGTCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTAt > 2:1045708/1‑134 (MQ=255) ccTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTcc < 2:856787/134‑1 (MQ=255) ccACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGt < 1:965120/113‑1 (MQ=255) ccACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGt > 2:965120/1‑113 (MQ=255) cGGTTCACAAGGTGGTCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCgg < 1:1045708/134‑1 (MQ=255) gTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGcc > 2:677117/1‑134 (MQ=255) caAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACa > 1:659010/1‑120 (MQ=255) caAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACa < 2:659010/120‑1 (MQ=255) caAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCg > 2:357480/1‑130 (MQ=255) aGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATg < 1:357480/134‑1 (MQ=255) aCCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAg > 1:496653/1‑134 (MQ=255) gCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCa > 1:180808/1‑134 (MQ=255) gATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATcc < 1:103/134‑1 (MQ=255) gATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATcc < 2:180808/134‑1 (MQ=255) aTTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCa > 1:1102264/1‑134 (MQ=255) tCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCACGa > 1:1047331/1‑133 (MQ=255) | CAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCCCGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCACGA > AY305378/552‑806 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |