Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM260480 | 293,407 | T→A | Y759N (TAC→AAC) | flhF → | Flagellar GTP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM260480 | 293,407 | 0 | T | A | 100.0% | 137.1 / NA | 36 | Y759N (TAC→AAC) | flhF | Flagellar GTP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (20/16); total (20/16) |
CGCCTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAATACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGCCGT > AM260480/293295‑293528 | cgccTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCAccg > 2:630498/1‑134 (MQ=255) tCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTg > 2:685116/1‑134 (MQ=255) gctggcCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt < 1:685116/134‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCcgc > 2:740177/1‑81 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCcgc < 1:740177/81‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCg < 2:783361/97‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCg > 1:783361/1‑97 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt > 1:327903/1‑107 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt < 2:327903/107‑1 (MQ=255) ccggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGc > 2:1047887/1‑133 (MQ=255) ggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCAt > 2:1037114/1‑134 (MQ=255) ggtgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCAt > 1:783323/1‑134 (MQ=255) tgccggGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATgg < 1:1037114/134‑1 (MQ=255) cGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGcc > 1:447746/1‑133 (MQ=255) cAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCt > 1:757424/1‑134 (MQ=255) aTGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTgc < 1:630498/134‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCg > 2:417287/1‑67 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCg < 1:417287/67‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAg > 2:825288/1‑94 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAg < 1:825288/94‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATgg > 2:643695/1‑108 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATgg < 1:643695/108‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATg > 2:652266/1‑134 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt < 2:203230/72‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGAt > 1:203230/1‑72 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTAGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc < 2:1000176/90‑1 (MQ=255) ccGCATGCTGGCATTGCTAGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAgc > 1:1000176/1‑90 (MQ=255) cATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGcgcc < 2:757424/134‑1 (MQ=255) cTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATgg > 1:804371/1‑96 (MQ=255) cTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATgg < 2:804371/96‑1 (MQ=255) cTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCcgcg > 1:667212/1‑133 (MQ=255) cTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCcgcg > 1:333054/1‑133 (MQ=255) gCATTGCTCGACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCac < 1:774430/133‑1 (MQ=255) gACGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGCCGt < 2:667212/134‑1 (MQ=255) aCGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCt < 2:245722/44‑1 (MQ=255) aCGTGCTGGAAAACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCt > 1:245722/1‑44 (MQ=255) | CGCCTTCCTCGCGCGCCTGGCTGGCCGCACGGTGCGCCAGGGCGTGCCGGTGCCGGGCACGGTGCTCAATGAAGGCATGGGCCGCATGCTGGCATTGCTCGACGTGCTGGAATACTATCCGGGCCGCGGCACCGCCGTGCCCGCTGAAGCGATGGAGGTGTTGCAGTGAGCGCCCTCGCCATGGACCAGGCCGAGAGCCTGCGCCGGATGCTGGCGCCGCGCACGACGCGCCGT > AM260480/293295‑293528 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |