| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM260479 | 2,111,023 | +G | coding (563/1089 nt) | h16_A1942 → | Hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM260479 | 2,111,022 | 1 | . | G | 100.0% | 75.1 / NA | 21 | R188G (AGA→GGA) | h16_A1942 | Hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (11/10); total (11/10) | |||||||||||
CCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGC > AM260479/2110900‑2111130 | ccAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATc > 2:806028/1‑134 (MQ=255) ttCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGAcgccgcc < 1:806028/134‑1 (MQ=255) gTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCgg > 2:403924/1‑122 (MQ=255) gTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCgg < 1:403924/122‑1 (MQ=255) cgcATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTccg > 2:1024652/1‑134 (MQ=255) cGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTg < 1:184963/112‑1 (MQ=255) cGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTg > 2:184963/1‑112 (MQ=255) cGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCcgcg > 2:1025564/1‑134 (MQ=255) gCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCAt > 2:67040/1‑110 (MQ=255) gCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCAt < 1:67040/110‑1 (MQ=255) gggCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGt < 1:1025564/134‑1 (MQ=255) cgcATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTcgc > 2:49770/1‑134 (MQ=255) cATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGccctcccct > 2:179429/1‑125 (MQ=255) cATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGccctcccct < 1:179429/125‑1 (MQ=255) gCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGcgcgcc < 1:49770/132‑1 (MQ=255) aGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTcgc < 1:1024652/134‑1 (MQ=255) agaCCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGAcg > 2:241449/1‑48 (MQ=25) agaCCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGAcg < 1:241449/48‑1 (MQ=25) agaCCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGcc < 1:538860/68‑1 (MQ=255) agaCCTTCGACGAACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGcc > 2:538860/1‑68 (MQ=255) acgaACTGGTGGATGGACTCGACGAGGATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCgcggc > 1:178947/1‑134 (MQ=255) | CCAGCATGATTCCTCTTCCACAAGCGCAGTTGATCGGGCGCATCGCCAATGTGGCCGGGCGCATGCTCGCCGACGGCGCCGACGAGTATGAGACCTTCGACGAACTGGTGGAT‑GACTCGACGA‑GATGCGATCGACGCCGCCGCGCCGGTGCTGGCCGGCATGGTGCTCCGCCGCGCCCTCCCCTCGGTCGCGCGCGCCGCGCCCGCCGTGCGTCGCGCCGCGGTGCGCGGC > AM260479/2110900‑2111130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |