| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AM260479 | 3,403,016 | Δ1 bp | coding (802/996 nt) | phcA ← | transcriptional regulator, LysR‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AM260479 | 3,403,015 | 0 | A | . | 100.0% | 137.1 / NA | 31 | coding (803/996 nt) | phcA | transcriptional regulator, LysR‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (15/16); total (15/16) | |||||||||||
ACAAACTCGCCCACCACCTGGCGGAACAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGGAAGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTACCGTCAGCGTCGCATTGCGCT > AM260479/3402892‑3403144 | aCAAACTCGCCCACCACCTGGCGGAACAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAgg > 1:34682/1‑134 (MQ=255) ggAACAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGt < 2:34682/134‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCtt < 2:884507/134‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCtt < 2:782308/134‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCtt < 2:371294/134‑1 (MQ=255) acacCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGa < 2:1106085/134‑1 (MQ=255) cTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAg > 1:1109342/1‑83 (MQ=255) cTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAg < 2:1109342/83‑1 (MQ=255) tGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAgg > 1:702780/1‑134 (MQ=255) tGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGGagg > 1:329825/1‑52 (MQ=255) tGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGGagg < 2:329825/54‑3 (MQ=255) aaCATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGcc < 2:360531/134‑1 (MQ=255) tGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAg > 2:59887/1‑67 (MQ=255) tGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAg < 1:59887/67‑1 (MQ=255) cAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGcc < 2:1072664/126‑1 (MQ=255) cAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGcc > 1:1072664/1‑126 (MQ=255) cAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCAc < 2:692575/133‑1 (MQ=255) gCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCa > 2:268011/1‑134 (MQ=255) ccGAGCATGGTGTTCGGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAg > 1:952460/1‑43 (MQ=37) ccGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAg < 2:952460/43‑1 (MQ=38) gAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATg > 1:187593/1‑133 (MQ=255) aGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAgcgc > 1:616009/1‑76 (MQ=255) aGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAgcgc < 2:616009/76‑1 (MQ=255) tGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTa > 2:617255/1‑134 (MQ=255) ccGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGcc < 2:554689/94‑1 (MQ=255) ccGACGGCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGcc > 1:554689/1‑94 (MQ=255) ggCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGcc < 2:357166/98‑1 (MQ=255) ggCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGcc > 1:357166/1‑98 (MQ=255) ggCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTg > 2:122870/1‑100 (MQ=255) ggCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTg < 1:122870/100‑1 (MQ=255) ggCAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCGTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTAACGTCAGCGTCGCATTg > 2:293584/1‑134 (MQ=255) cAGCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTACCGTCAGCGTCGCATAgcg > 2:541842/1‑134 (MQ=255) gCGGG‑AGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTACCGTCAGCGTCGCATAGCGCt < 1:541842/134‑1 (MQ=255) | ACAAACTCGCCCACCACCTGGCGGAACAGGTTGCGCGCCCACACCAGCATCGGATGGGTGTTGCGGCTGCGGTGCCAGAACATGTTCAGGCCGAGCATGGTGTTCAGTTCCGACGGCAGCGGGAAGGCCTTCAGGCCATAGGTCTCGCAGGCCATGTCCTTGGTCAGCGCATTGACGGTGAAGATCATGTCGGTCTGCGAGGCCAGTTCGGCCTGGGCACGCCATGAATGTACCGTCAGCGTCGCATTGCGCT > AM260479/3402892‑3403144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |