New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | 342083 = | 5 (0.180) | 4 (0.160) | 4/200 | 2.0 | 40.7% | coding (214/1548 nt) | amtB | ammonium transporter |
? | AM260479 | 342103 = | 7 (0.270) | coding (234/1548 nt) | amtB | ammonium transporter |
GCATCTGCCCCGGCCGCCTCCGCCGCCCCCGCTGCAGCCGCTGCCGAAGCTTCGGCGCCGGCTGCCGCCGCGGCCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCTGGTGCGCTCCAAGA > AM260479/341984‑342215 | aggccgccgtagaacagcgccaggccgggcagcgtcatcaggatcacgaaggcggtcgagaccagcagccaggcggtgtcgcccttgttgggcaccggtgcggccggcgcggcggccgcACCGGTGCCcaac > 2:688011‑M2/120‑132 (MQ=255) cgccTCCGCCGCCCCCGCTGCAGCCGCTGCCGAAGCTTCGGCGCCGGCTGCCGCCGCGGCCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCt > 2:47243/1‑134 (MQ=255) gatcacgaaggcggtcgagaccagcagccaggcggtgtcgcccttgttgggcaccggtGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGa < 1:688011‑M1/76‑1 (MQ=255) tcacgaaggcggtcgagaccagcagccaggcggtgtcgcccttgttgggcaccggtgcggccggcgcggcggccgcACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATc < 1:688011‑M2/58‑1 (MQ=255) ggcggtcgagaccagcagccaggcggtgtcgcccttgttgggcaccggtgcggccggcgcggcggccgcACCGGTGCCCAACAAGGGCGACAcc < 1:70417‑M2/25‑1 (MQ=255) ggcggtcgagaccagcagccaggcggtgtcgcccttgttgggcaccggtgcggccggcgcggcggccgcACCGGTGCCCAACAAGGGCGACAcc > 2:70417‑M2/70‑94 (MQ=255) cTGCCGCCGCGGTCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGc > 1:824612/1‑134 (MQ=255) gcgGCCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCt < 1:586496/128‑1 (MQ=255) gcgGCCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCt > 2:586496/1‑128 (MQ=255) ggtgtcgcccttgttgggcaccggtGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGcc < 1:70417‑M1/69‑1 (MQ=255) ggtgtcgcccttgttgggcaccggtGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGcc > 2:70417‑M1/26‑94 (MQ=255) gttgggcaccggtGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCt > 2:688011‑M1/14‑132 (MQ=255) aGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCTGGTGCGCTCCAAGa < 2:265580/134‑1 (MQ=255) ccgcgccgGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCt > 2:138051/1‑112 (MQ=255) ccgcgccgGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCt < 1:138051/112‑1 (MQ=255) ggccgcACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCTgg < 1:754834‑M2/101‑1 (MQ=255) ggccgcACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCTgg > 2:754834‑M2/7‑107 (MQ=255) | GCATCTGCCCCGGCCGCCTCCGCCGCCCCCGCTGCAGCCGCTGCCGAAGCTTCGGCGCCGGCTGCCGCCGCGGCCGCACCGGCCGCCGCCCCCGCGGAAGCGGCCGCCGCGCCGGCCGCACCGGTGCCCAACAAGGGCGACACCGCCTGGCTGCTGGTCTCGACCGCCTTCGTGATCCTGATGACGCTGCCCGGCCTGGCGCTGTTCTACGGCGGCCTGGTGCGCTCCAAGA > AM260479/341984‑342215 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |