New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | = 2064164 | 31 (1.130) | 6 (0.240) | 6/194 | 1.5 | 16.0% | coding (515/909 nt) | h16_A1900 | transcriptional regulator, LysR‑family |
? | AM260479 | = 2064306 | 35 (1.410) | coding (657/909 nt) | h16_A1900 | transcriptional regulator, LysR‑family | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGCTCGGCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCTGGTGCGGCTGGCGCCAGT > AM260479/2064175‑2064431 | cagcTCGGCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcg < 1:589159‑M2/134‑3 (MQ=255) gcTCGGCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgcc < 2:177595‑M2/134‑5 (MQ=255) gCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgcc < 1:854136‑M2/134‑10 (MQ=255) gCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgcc < 2:1064937‑M2/134‑10 (MQ=255) ccTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccg > 1:995888‑M2/1‑124 (MQ=255) cGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGcc < 1:910059/134‑1 (MQ=255) cATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCtggt < 2:594177/134‑1 (MQ=255) ggCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATg < 1:177595/134‑1 (MQ=255) cGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGAt < 2:854136/134‑1 (MQ=255) gTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGc < 2:343017/134‑1 (MQ=255) tGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCtggt > 1:603807/1‑105 (MQ=255) tGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCtggt < 2:603807/105‑1 (MQ=255) gTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGcc < 1:475722/91‑1 (MQ=255) gTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGcc > 2:475722/1‑91 (MQ=255) gTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGAGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCgg > 2:605227/1‑134 (MQ=255) cGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGcggcacg < 2:472361/117‑1 (MQ=255) cGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGcggcacg > 1:472361/1‑117 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcggcccaccaggtactccggcggcgcattcg < 1:900407‑M2/134‑74 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAgcg > 2:1134923/1‑77 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAgcg < 1:1134923/77‑1 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGcc < 1:823099/127‑1 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGcc > 2:823099/1‑127 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCAtgc > 1:713306/1‑134 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCAtgc > 1:667776/1‑134 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCAtgc > 2:575753/1‑134 (MQ=255) ggACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCCGCACGGCATGGGCGCCGGCAtgc > 1:1005126/1‑134 (MQ=255) gcgcTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCtgtg < 2:8862/134‑1 (MQ=255) ccTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCg < 2:589159/134‑1 (MQ=255) gCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcggcccaccaggtactccggcggcgcattcgccggccggatcgccacatcg > 2:900407‑M2/1‑39 (MQ=255) cAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGa > 1:366910/1‑134 (MQ=255) ggCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcggcccaccaggtactccggcggcgcattcgccggccggatcgccacatcggcctcgc < 1:256325‑M2/134‑101 (MQ=255) ggCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgc < 2:184749‑M2/37‑4 (MQ=255) ggCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgc > 1:184749‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGAcc > 2:110708/1‑134 (MQ=255) gcgcgcTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCCGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGAccc < 2:1005126/134‑1 (MQ=255) gcgcTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcggcccaccaggtactccggcggcgcattcgccggccggatcgccacatcggcctcgcgcc > 2:256325‑M2/1‑31 (MQ=255) gcTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcgg < 2:465637‑M2/74‑46 (MQ=255) gcTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCcgccgcgccgcgtatggtgccgtctgcagccgcccgatacggcgg > 1:465637‑M2/1‑29 (MQ=255) gATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCt < 2:667776/132‑1 (MQ=255) aTACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGcc > 1:480479/1‑42 (MQ=255) aTACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGcc < 2:480479/42‑1 (MQ=255) aTACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGcc > 1:646645/1‑42 (MQ=255) aTACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGcc < 2:646645/42‑1 (MQ=255) tGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCAtg < 1:897465/83‑1 (MQ=255) tGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCAtg > 2:897465/1‑83 (MQ=255) tGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCTGGTGCGGCTGgcgc > 2:769471/1‑132 (MQ=255) cccGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCTGGTGCGGCTGGCGCCAg < 1:769471/133‑1 (MQ=255) cccGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGAGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCTGGTGCGGCTGGCGCCAGt < 1:605227/134‑1 (MQ=255) | CAGCTCGGCCTGCCAACGGAAGCCGACCATCCGCGGCTGGCGGACTGGTCGGCCTATGACTGGGTCGTGCCGGACGAAGCGCTGTCACACCTTGCCCAGGCGCGCTGGATACGCGACCACGTGCCCGAACCCCGCCGCGCCGTCAGCGCCGACAGCCTGGTGGCGATGGCGGATGCCGTGCGGCACGGCATGGGCGCCGGCATGCTGCTGTGCCTGCTGGCCGGGGCCGACCCAGAGCTGGTGCGGCTGGCGCCAGT > AM260479/2064175‑2064431 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |