Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AY305378 | 682 | C→A | P190T (CCG→ACG) | hoxK → | membrane‑bound [NiFe] hydrogenase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AY305378 | 682 | 0 | C | A | 100.0% | 136.8 / NA | 36 | P190T (CCG→ACG) | hoxK | membrane‑bound [NiFe] hydrogenase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (18/18); total (18/18) |
CAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCCCGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCAC > AY305378/552‑804 | cAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACgg > 1:1041028/1‑134 (MQ=255) cAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACgg > 1:111583/1‑134 (MQ=255) cAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACgg > 1:985059/1‑134 (MQ=255) ggCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGa > 1:849921/1‑134 (MQ=255) gggTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtgatg < 2:696577/133‑1 (MQ=255) gggTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGtgatg < 2:111583/133‑1 (MQ=255) tGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGgtgt > 2:352227/1‑134 (MQ=255) caggcagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACgg < 2:570499/109‑1 (MQ=255) caggcagCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACgg > 1:570499/1‑109 (MQ=255) aaCCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTAtt > 2:53608/1‑134 (MQ=255) aaCCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTAtt > 2:1081509/1‑134 (MQ=255) tCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAAc < 1:352227/134‑1 (MQ=255) aCTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTTATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGa > 1:956883/1‑134 (MQ=255) ggCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTcc < 2:971454/120‑1 (MQ=255) ggCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTcc > 1:971454/1‑120 (MQ=255) ggCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGa > 2:452753/1‑133 (MQ=255) ccACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAg < 2:1041028/134‑1 (MQ=255) cacCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTTATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGt < 2:956883/134‑1 (MQ=255) cacCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCa > 1:640053/1‑99 (MQ=255) cacCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCa < 2:640053/99‑1 (MQ=255) cacCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTAGTCCCGAACTGGATCGACAGGGt < 2:963554/134‑1 (MQ=255) gTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGcc > 1:107135/1‑134 (MQ=255) gTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGcc < 1:1081509/134‑1 (MQ=255) gTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGcc < 1:143779/134‑1 (MQ=255) gTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGcc < 1:53608/134‑1 (MQ=255) cacaAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGa < 1:452753/133‑1 (MQ=255) cacaAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGa < 2:106518/133‑1 (MQ=255) aTCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGgtg > 2:692369/1‑64 (MQ=255) aTCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGgtg < 1:692369/64‑1 (MQ=255) cACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACgg > 2:921067/1‑59 (MQ=255) cACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACgg < 1:921067/59‑1 (MQ=255) cGACAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGc > 2:1162763/1‑133 (MQ=255) aCAAGCCGATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAg > 1:817264/1‑134 (MQ=255) gATTATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATcc < 2:849921/134‑1 (MQ=255) ttATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCAc > 1:348736/1‑134 (MQ=255) ttATCAAGGTCACGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCAc < 1:1162763/134‑1 (MQ=255) | CAAGGATGCCAAGGCCATTATCTCCTGGGGTTCCTGCGCATCCTGGGGATGCGTGCAGGCAGCCAAACCTAATCCCACTCAGGCCACACCGGTTCACAAGGTGATCACCGACAAGCCGATTATCAAGGTCCCGGGGTGCCCTCCGATTGCCGAAGTGATGACGGGTGTCATTACCTACATGCTCACCTTCGATCGTATTCCCGAACTGGATCGACAGGGTCGGCCGAAGATGTTCTATAGCCAGCGCATCCAC > AY305378/552‑804 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |