Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AM260479 | 342,407 | T→C | L180L (TTG→CTG) | amtB → | ammonium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AM260479 | 342,407 | 0 | T | C | 100.0% | 137.5 / NA | 36 | L180L (TTG→CTG) | amtB | ammonium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (17/19); total (17/19) |
TGGCTACAGCTTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCT > AM260479/342283‑342530 | tGGCTACAGCTTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACt > 1:1114781/1‑134 (MQ=255) tttGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTc > 1:1056021/1‑132 (MQ=255) tttGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTc > 2:950947/1‑132 (MQ=255) tttGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTc > 1:39470/1‑132 (MQ=255) tGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGt > 2:763231/1‑134 (MQ=255) cACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGcc < 2:173033/133‑1 (MQ=255) gggCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCt < 2:1114781/134‑1 (MQ=255) aaCGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCAt > 2:870874/1‑134 (MQ=255) aaCGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCAt > 1:138437/1‑134 (MQ=255) aCGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATc < 1:950947/134‑1 (MQ=255) cttcttCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCt > 2:601912/1‑134 (MQ=255) cATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGcc < 2:1030710/133‑1 (MQ=255) aaGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAAcg < 1:1046867/134‑1 (MQ=255) aaGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAAcg < 2:216590/134‑1 (MQ=255) gCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCt < 1:1069206/89‑1 (MQ=255) gCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCt > 2:1069206/1‑89 (MQ=255) gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGcc < 2:765066/79‑1 (MQ=255) gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGcc > 1:765066/1‑79 (MQ=255) gACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGt > 2:874636/1‑134 (MQ=255) cGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTtc < 1:14713/134‑1 (MQ=255) ccGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTg > 2:123781/1‑134 (MQ=255) cGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGc < 2:138437/134‑1 (MQ=255) gccACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGtt < 1:734397/134‑1 (MQ=255) ccTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCgtg < 1:870874/134‑1 (MQ=255) cAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCtgt < 2:431412/134‑1 (MQ=255) cAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCtgt < 1:1083651/134‑1 (MQ=255) aGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGcc < 1:1060171/47‑1 (MQ=255) aGGGCGTGGTGGTGCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGcc > 2:1060171/1‑47 (MQ=255) gtggtggtgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCAc > 2:382846/1‑134 (MQ=255) ggtgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTtct > 1:261694/1‑134 (MQ=255) gtgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTtct < 1:945678/133‑1 (MQ=255) tgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCtt > 1:894211/1‑130 (MQ=255) tgCCGGAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCtt < 2:894211/130‑1 (MQ=255) ggAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTg < 2:956463/48‑1 (MQ=255) ggAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTg > 1:956463/1‑48 (MQ=255) gAACTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCt < 1:233728/37‑1 (MQ=255) | TGGCTACAGCTTTGCCTTCACCGAGGGCAACGCCTTCTTCGGCGGCACCGACCGGCTCTTCATGAAGGGGCTGACGGTCGAGGCCGTGGCCGCCACCTTCAGCAAGGGCGTGGTGGTGCCGGAATTGGGCTACTTCGCCTTCCAGTGCGCCTTCGCCTGCATCACCTGCGGCCTGATCATCGGCGCCTTCGCCGAACGCGCCAAGTTCTCGGCCGTGCTGGTGTTCGTGGTGCTGTGGTTCACCTTCT > AM260479/342283‑342530 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |