| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | AssemblyC74_contig_45 | 1 = | 0 (0.000) | coding (906/906 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Integrase, catalytic region | |||||
Only 100 of 749 total aligned reads displayed.
AGATACCGTAATTATTGCTAGCAATTTAGAGTAGTTCGTTACTAATTAAGGAGCAAATAAAATTATTA‑TAATATTATTTGTCAAATTAAGCGAGACAAAACTTTCCATTTACGTAACTCAAAAAAACTTCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_40/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGAAT > AssemblyC74_contig_45/1‑134 AGATACCGTAATTATTGCTAGCAATTTAGAGTAGTTCGTTACTAATTAAGGAGCAAATAAAATTATTA‑TAATATTATTTGTCAAATTAAGCGAGACAAAACTTTCCATTTACGTAACTCAAAAAAACTTCTAATG < 2:1891370/135‑1 ACCGTAATTATTGCTAGCAATTTAGAGTAGTTCGTTACTAATTAAGGAGCAAATAAAATTATTA‑TAATATTATTTGTCAAATTAAGCGAGACAAAACTTTCCATTTACGTAACTCAAAAAAACTTCTAATGGTGT > 2:2120052/1‑135 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AACTTCTAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCC > 1:2701048/1‑135 AACTTCTAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTT < 2:663584/54‑1 CTAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTCGGAGTCCGTTTG > 2:3483091/1‑135 CTAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATC > 1:2550545/1‑115 TAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGA < 2:1789465/135‑1 TAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGA < 1:47818/135‑1 TAATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGA < 2:2322955/135‑1 ATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGAAT < 2:1335439/135‑1 ATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGAAT < 2:236899/135‑1 ATGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTG < 2:1097311/77‑1 AGATACCGTAATTATTGCTAGCAATTTAGAGTAGTTCGTTACTAATTAAGGAGCAAATAAAATTATTA‑TAATATTATTTGTCAAATTAAGCGAGACAAAACTTTCCATTTACGTAACTCAAAAAAACTTCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_40/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGAAT > AssemblyC74_contig_45/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |