| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_11 | 1 = | 0 (0.000) | 358 (0.400) | 102/254 | 0.1 | 100% | intergenic (–/‑1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) |
| ? | AssemblyC74_contig_45 | = 1002 | 0 (0.000) | intergenic (‑96/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Integrase, catalytic region/– | |||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCGGATGCAGGCAGAGATATCAGCAGTAATGTCACTTCGTTGACCGTGGACCCAACGAATATTACAGATGGAGGAAACATAAAAGTAAAATTCTCGT > AssemblyC74_contig_11/1‑134 | attacaagctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgt > 1:2055121‑M1/135‑135 (MQ=255) caagctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTa > 2:1718717‑M1/131‑135 (MQ=255) aagctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTaa < 1:648835‑M1/6‑1 (MQ=255) gctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAata > 1:778187‑M1/128‑135 (MQ=255) cgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAAtata > 1:3295999‑M1/125‑134 (MQ=255) cgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAAtata > 1:3429948‑M1/125‑134 (MQ=255) cgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAAtata > 1:478990‑M1/125‑134 (MQ=255) gtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAAc < 2:1422636‑M1/12‑1 (MQ=255) ttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACAt < 1:3049349‑M1/14‑1 (MQ=255) tggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATc > 1:2568442‑M1/121‑135 (MQ=255) tggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATc > 1:1290885‑M1/121‑135 (MQ=255) taagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGa > 1:141924‑M1/116‑135 (MQ=255) taagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGa > 2:1818207‑M1/116‑135 (MQ=255) taagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGa > 1:1319837‑M1/116‑135 (MQ=255) gggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacattaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCt > 1:1208919‑M1/110‑134 (MQ=255) gggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCt > 1:2400832‑M1/110‑134 (MQ=255) gggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTg > 2:3182159‑M1/110‑135 (MQ=255) ataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCa < 1:80320‑M1/30‑1 (MQ=255) ataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacagaaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCa < 2:433799‑M1/30‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGa < 1:996577‑M1/20‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCAt < 2:3127094‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCAt < 2:372811‑M1/31‑1 (MQ=255) 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tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCg < 2:1397940‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCg < 2:1587177‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCg < 2:1508464‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCg > 2:2406923‑M1/96‑135 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtatcgcttacttatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTACATGTCTATGCg < 1:2760965‑M1/40‑1 (MQ=255) atgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCgg < 2:3351056‑M1/41‑1 (MQ=255) 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gtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGc > 2:2855427‑M1/80‑118 (MQ=255) gtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGc < 1:2855427‑M1/39‑1 (MQ=255) gtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCGGATGCAGGCAGAGat < 2:1911726‑M1/55‑1 (MQ=255) tttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCGGATGCAGGCAGAGATATcagca < 2:279352‑M1/62‑1 (MQ=255) gcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTa < 1:3542716‑M1/5‑1 (MQ=255) gcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgTACTAATATAACATCACTGATTCCTGTTCATGTCTATGCGGATgcag < 2:129255‑M1/47‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |