| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_28 | 1 = | 0 (0.000) | 330 (0.380) | 92/254 | 0.1 | 100% | intergenic (–/‑81) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | AssemblyC74_contig_45 | = 1002 | 0 (0.000) | intergenic (‑96/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Integrase, catalytic region/– | |||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAGG > AssemblyC74_contig_28/1‑134 | aagctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAAt > 2:2626199‑M1/130‑135 (MQ=255) gctcgtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATaa > 2:3099068‑M1/128‑135 (MQ=255) gtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAAt < 2:2991034‑M1/12‑1 (MQ=255) ggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGt < 1:3234336‑M1/16‑1 (MQ=255) taagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAAtt > 1:2748412‑M1/116‑135 (MQ=255) tgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATttcttc < 2:3509117‑M1/25‑1 (MQ=255) gggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATttcttc > 2:654453‑M1/110‑134 (MQ=255) ataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtat < 2:3369909‑M1/30‑1 (MQ=255) taattcatttatgttcactctccttgtatgctttagctggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 2:757462‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 2:142453‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 2:602803‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 2:1857787‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 2:2241445‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtata < 1:3503903‑M1/31‑1 (MQ=255) taagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTtat > 2:1669100‑M1/105‑134 (MQ=255) agtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAAt < 1:2897932‑M1/33‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt < 1:1050653‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt > 2:1635449‑M1/96‑135 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt < 1:2650062‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt < 2:1363090‑M1/40‑1 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt > 2:3195295‑M1/96‑135 (MQ=255) tatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtttt < 2:3270381‑M1/40‑1 (MQ=255) 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tgttcactctccttgtattctttagcggttattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACtgttgt < 1:3523418‑M1/42‑1 (MQ=255) tgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGt < 1:563942‑M1/42‑1 (MQ=255) tgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGt < 1:536226‑M1/42‑1 (MQ=255) tgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGt > 2:477996‑M1/94‑135 (MQ=255) tgttcactctccttgtatgctttagcgggtattaaaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaactgcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATAACTTTTGt < 2:1928414‑M1/42‑1 (MQ=255) ctctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACaaa > 1:109335‑M1/88‑135 (MQ=255) ctctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACaaa < 1:3320258‑M1/48‑1 (MQ=255) ctcctggtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatgtgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAAtt > 1:2954907‑M1/86‑135 (MQ=255) ccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTa < 1:1796049‑M1/51‑1 (MQ=255) gtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACAt < 1:1895559‑M1/56‑1 (MQ=255) tttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTa < 2:541842‑M1/62‑1 (MQ=255) tttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTa < 2:3333160‑M1/62‑1 (MQ=255) 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aacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTa > 1:1162825‑M1/8‑134 (MQ=255) aacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTAt > 1:1932939‑M1/8‑135 (MQ=255) aacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTAt < 2:2778587‑M1/128‑1 (MQ=255) aacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTAt > 2:2452412‑M1/8‑135 (MQ=255) acggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTAtt > 1:882804‑M1/7‑135 (MQ=255) gcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCGCTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTa < 1:2241928‑M1/132‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAGG > AssemblyC74_contig_28/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |