| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_45 | = 1002 | 0 (0.000) | 347 (0.400) | 87/254 | 0.2 | 100% | intergenic (‑96/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Integrase, catalytic region/– |
| ? | AssemblyC74_contig_9 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Transcriptional regulator SpxA1 | |||||
Only 100 of 1568 total aligned reads displayed.
CATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_45/868‑1002 | cATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCg > 1:315918/1‑135 (MQ=255)cATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCg > 1:2267007/1‑135 (MQ=255)cATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCg > 1:1948571/1‑135 (MQ=255)cATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTGGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCg < 2:3058831/135‑1 (MQ=255) cAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtacta > 2:1718717‑M2/1‑130 (MQ=255) aaGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaa < 1:648835‑M2/135‑7 (MQ=255) gCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaata > 1:2383513‑M2/1‑127 (MQ=255) cGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataa > 2:477176‑M2/1‑124 (MQ=255) tGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatc > 1:1290885‑M2/1‑120 (MQ=255) tGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatc > 2:164513‑M2/1‑120 (MQ=255) ggTGTAAGATGGGTATAATTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTAAAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAAAGGCGtaatataaaaaattaa > 2:2358949‑M1/1‑119 (MQ=255) ggTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatat < 1:2159483‑M2/134‑16 (MQ=255) ggTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacat < 2:1865680‑M2/133‑15 (MQ=255) tAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactga > 2:2787289‑M2/1‑115 (MQ=255) gATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaac < 2:2221725‑M2/135‑24 (MQ=255) gggTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaaca > 2:1291087‑M2/1‑109 (MQ=255) gggTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctg > 2:39002‑M2/1‑109 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataa < 1:1423777‑M2/135‑32 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataa < 1:1600479‑M2/135‑32 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatc > 2:1088800‑M1/1‑104 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatc > 1:1672080‑M1/1‑104 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcat < 2:3127094‑M2/135‑32 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcat < 2:3245186‑M2/135‑32 (MQ=255) taAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttata < 2:602803‑M2/135‑32 (MQ=255) tCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgta > 1:952212‑M1/1‑100 (MQ=255) aTTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtcta < 1:3018655‑M2/134‑37 (MQ=255) aTTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcact < 2:2421352‑M2/135‑38 (MQ=255) tttATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaat > 2:3391483‑M1/1‑97 (MQ=255) tATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataac > 1:221198‑M1/1‑95 (MQ=255) tATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataac > 1:2325894‑M1/1‑95 (MQ=255) tATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcactttt > 2:3195295‑M2/1‑95 (MQ=255) tATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcactttt < 1:2650062‑M2/135‑41 (MQ=255) aTGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaatt > 1:494380‑M1/1‑94 (MQ=255) aTGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcgg < 2:180664‑M2/135‑42 (MQ=255) aTGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataact > 1:3241973‑M1/1‑94 (MQ=255) tGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaatttt < 2:3521523‑M1/135‑43 (MQ=255) tGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatt > 2:2579576‑M2/1‑93 (MQ=255) tGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTAAAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACTGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataataacttttgt < 2:1928414‑M2/135‑43 (MQ=255) gTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttc < 2:1138621‑M1/135‑44 (MQ=255) gTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactat < 1:3312500‑M1/135‑44 (MQ=255) cACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgt < 1:3080770‑M1/134‑46 (MQ=255) aCTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataa < 1:2012970‑M2/135‑48 (MQ=255) aCTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgt < 1:1070522‑M1/122‑35 (MQ=255) aCTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcct < 2:2494438‑M2/113‑26 (MQ=255) ttGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagaga > 1:1751328‑M2/1‑81 (MQ=255) tttAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactac < 1:2790756‑M2/135‑63 (MQ=255) tttAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacatttttta < 2:2935181‑M2/135‑63 (MQ=255) ttAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgta < 1:884548‑M1/134‑63 (MQ=255) tAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaa > 1:1497596‑M1/1‑71 (MQ=255) tAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaa > 1:3466932‑M1/1‑71 (MQ=255) tAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagt < 1:1366618‑M2/135‑65 (MQ=255) tAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaa > 1:1190480‑M1/1‑71 (MQ=255) tAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcactgttgtaacaaattaaacattttgtatg < 2:2847985‑M2/135‑65 (MQ=255) gCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaa < 2:435271‑M2/135‑67 (MQ=255) gCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaa < 2:1448880‑M2/135‑67 (MQ=255) tACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcactt > 2:1037416‑M2/1‑61 (MQ=255) tACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcag < 1:420714‑M1/135‑75 (MQ=255) aCAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaaaaatttaa < 1:2444413‑M2/134‑75 (MQ=255) aCAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcaga > 1:2721782‑M1/1‑60 (MQ=255) gAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgacc < 1:3391965‑M2/135‑83 (MQ=255) gAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgacc < 1:100655‑M2/135‑83 (MQ=255) aGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccg > 1:3542671‑M2/1‑52 (MQ=255) gtgtAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgt < 2:3473437‑M2/135‑85 (MQ=255) gtgtAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatg < 1:464758‑M2/135‑85 (MQ=255) gtAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtg < 2:1382886‑M2/134‑86 (MQ=255) cATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggaccc > 1:180664‑M2/1‑45 (MQ=255) aaaTGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggacccaac > 2:2625339‑M2/1‑42 (MQ=255) ggCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcg < 1:2904894‑M1/135‑98 (MQ=255) ggCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcg < 2:867104‑M1/135‑98 (MQ=255) ggCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagat > 2:536226‑M2/1‑38 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgc > 2:1764054‑M1/1‑37 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttct < 2:2321441‑M1/131‑95 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgactt < 2:2749928‑M1/129‑93 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggacccaacgaata < 2:665738‑M2/135‑99 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtaatataaaaaagtaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcagatactccctcaccctagagtctt > 2:1215187‑M1/1‑37 (MQ=255) gCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagatt < 1:2950479‑M2/135‑99 (MQ=255) ttttATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttataaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgccatt < 1:2848646‑M1/135‑103 (MQ=255) ttttATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtaggattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgccatt < 1:1138491‑M1/135‑103 (MQ=255) tATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggacccaacgaatattacaga > 1:716632‑M2/1‑30 (MQ=255) aTTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGTCGatcaatataaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaaaaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggct > 2:2683861‑M2/1‑29 (MQ=255) tttGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggctt > 2:2094240‑M2/1‑28 (MQ=255) tGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggacccaacgaatattacagatgga > 1:2106018‑M2/1‑26 (MQ=255) ctcGCTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttca < 1:790136‑M1/107‑85 (MQ=255) cTTAATTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgccattgtacagggataaaa < 2:1414595‑M1/135‑117 (MQ=255) tAATTATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttg > 1:1537784‑M2/1‑17 (MQ=255) aaTTATACAAACGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaaaaatttaatgctgaaagcgattgataaaatgtatgttttattatttttattat < 1:840533‑M2/135‑120 (MQ=255) aaTTATACAAACGGCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgccattgtacagggataaaaaga < 1:2501489‑M1/135‑120 (MQ=255) ttATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttgatgt > 2:2267007‑M2/1‑14 (MQ=255) ttATACAAACGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttgatgt > 2:2151860‑M2/1‑14 (MQ=255) cAAACGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcagatactccctcaccctagagtctttccccaaaaagataagtatctgaagcttt < 1:2588270‑M1/135‑127 (MQ=255) aaaCGGCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttgatgttgttta > 2:3320258‑M2/1‑8 (MQ=255) aaCGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaactataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaaaaatttaatgctgaaagcgattgataaaatgtatgttttattatttttattataaaaaacgc > 2:752633‑M2/1‑7 (MQ=255) aaCGGCGttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaaaaatttaatgctgaaagcgattgataaaatgtatgttttattatttttattataaaaaacgc > 1:571250‑M2/1‑7 (MQ=255) aCGGCGtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcagatactccctcaccctagagtctttccccaaaaagataagtatctgaagctttttc > 2:2002724‑M1/1‑6 (MQ=255) gCGtataataatttaaaaattcatcatctaaatccgtagaattttctagattgcttacccatgtaaaatcgttatagacagatttcagttgacttctgcgccagtgtacagggataaaaagacgcatgctatctt > 2:300449‑M1/1‑3 (MQ=255) gCGtactaatataacatcactgattcctgttcatgtctatgcggatgcaggcagagatatcagcagtaatgtcacttcgttgaccgtggacccaacgaatattacagatggaggaaacataaaagtaaaattctc < 2:943612‑M2/135‑133 (MQ=255) gCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttgatgttgtttattgta < 2:799065‑M2/135‑133 (MQ=255) gCGatcaataaaaataagtaatttcttcgttataatcacttttgtaacaaattaaacattttttatgaacaaaaggagaattttatgaaaaaattaagattaattggcttattaggcttgatgttgtttattgta < 2:1514830‑M2/135‑133 (MQ=255) gttcttataaagatatcgcaaaacaacgataaaaagaataagagataaaaacaaccctactacgtaaaaatttaatgctgaaagcgattgataaaatgtatgttttattatttttattataaaaaacgcagatgg < 1:1868959‑M2/135‑135 (MQ=255) gtaatataaaaaattaagcaaataatagactaaaaaataactatgtgagataataaacatagaaaaaagcttcagatactccctcaccctagagtctttccccaaaaagataagtatctgaagctttttcttttt > 2:1576050‑M1/1‑1 (MQ=255) | CATTACAAGCTCGTTTGGTGTAAGATGGGTATAAGTCATTTATGTTCACTCTCCTTGTATGCTTTAGCGGGTATTACAATTTGAGTGTAACATAAATGGCTTTTTTATTTGTCTCGCTTAATTATACAAACGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_45/868‑1002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |