| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_21 | 1 = | 0 (0.000) | 226 (0.480) | 68/254 | 0.7 | 100% | intergenic (–/+243) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Sucrose operon repressor ScrR, LacI family |
| ? | AssemblyC74_contig_57 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 538 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTTCCCTT > AssemblyC74_contig_57/1‑135 | agacttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcattatt < 1:1718846‑M2/4‑1 (MQ=255)agacttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatta < 1:3355376‑M2/2‑1 (MQ=255) acttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgt > 1:2394247‑M2/130‑135 (MQ=255) acttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgt > 2:510661‑M2/130‑135 (MQ=255) acttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgt > 2:1521641‑M2/130‑135 (MQ=255) acttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta > 1:3503557‑M2/129‑135 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 1:3049228‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 2:1354824‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 1:2800747‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 2:3131298‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgt < 2:3455917‑M2/6‑1 (MQ=255) ctttttggagtggagaaatccactcctttttattatgctctaaaatgatatttttacacacccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgt < 2:1310848‑M2/6‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta < 1:1495288‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta < 1:2714031‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta < 1:1319365‑M2/7‑1 (MQ=255) ggagtggagaaatccactcctttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATa > 1:341370‑M2/123‑135 (MQ=255) tggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAg > 1:892195‑M2/122‑135 (MQ=255) tggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAg < 2:1385686‑M2/14‑1 (MQ=255) ggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAg < 2:2573596‑M2/14‑1 (MQ=255) ggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAg < 2:380635‑M2/14‑1 (MQ=255) aaaaccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCt > 2:1264042‑M2/113‑134 (MQ=255) aaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTAt > 2:1928533‑M2/112‑135 (MQ=255) 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cttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAg < 1:829943‑M2/14‑1 (MQ=255) cttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGa > 2:3384991‑M2/102‑135 (MQ=255) tttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGAttt < 2:56225‑M2/37‑1 (MQ=255) ttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGAttt < 2:2694519‑M2/37‑1 (MQ=255) ttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGAtttt > 1:3214017‑M2/98‑135 (MQ=255) ttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGAtttt > 2:2392468‑M2/98‑135 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg > 1:1781887‑M2/89‑135 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 1:915768‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 1:1462190‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 2:1891927‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 1:2123005‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg > 2:317337‑M2/89‑135 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTTCCCTT > AssemblyC74_contig_57/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |