| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | AssemblyC74_contig_30 | = 330 | 229 (0.990) | intergenic (+78/+111) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Mobile element protein/hypothetical protein | |||||
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TCACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCTAGCAAATGCTAGCCTCTTTAATAAATCGGTAAAATTTCCTAAATTCTATTGAACATTCGTTAAAACTA > AssemblyC74_contig_30/197‑463 | cACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAct < 1:2857978‑M2/135‑3 (MQ=255) cACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAct < 2:1021790‑M2/135‑3 (MQ=255) aCCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActt > 2:2598106‑M2/1‑132 (MQ=255) ccAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAtttt < 1:2718549/135‑1 (MQ=35) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 1:2988220/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 1:3343646/135‑1 (MQ=37) tGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATg > 2:1702455/1‑135 (MQ=40) tGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattca > 2:2521950‑M1/1‑125 (MQ=255) cGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGta > 2:1402512/1‑135 (MQ=255) cGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttct > 2:3146405‑M2/1‑123 (MQ=255) 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acaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaatt < 2:2069875‑M2/118‑35 (MQ=255) acaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaatt > 1:332142‑M2/1‑84 (MQ=255) acaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaa > 2:2458899‑M1/1‑84 (MQ=255) caTAAAAAAACATCAACGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatctttt > 2:3376775‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaaaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgca > 2:1288927‑M2/1‑80 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagtt > 2:1145053‑M1/1‑77 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGt < 2:2888078/127‑1 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttgt < 2:4795‑M1/135‑61 (MQ=255) cATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttgtcg < 1:1895464‑M1/135‑63 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 1:2770050/135‑1 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 1:1313254/135‑1 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 2:1652099/135‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |