| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_31 | = 3396 | 0 (0.000) | 843 (0.520) | 127/254 | 0.1 | 100% | noncoding (118/118 nt) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_5S_rRNA | 5S rRNA # 5S ribosomal RNA ‑ 3 prime truncation |
| ? | AssemblyC74_contig_54 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑13) | –/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | –/tRNA‑Val‑TAC | |||||
Only 100 of 844 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 | taaaagataacaccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattggagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgct > 2:1292594‑M2/135‑135 (MQ=255) aaaagataacaccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgctt < 2:2732926‑M2/2‑1 (MQ=255) acaccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATc < 2:261804‑M2/10‑1 (MQ=255) caccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATcc < 2:2043208‑M2/11‑1 (MQ=255) caccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATcc < 1:2228319‑M2/11‑1 (MQ=255) accacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCa > 1:2524874‑M2/124‑135 (MQ=255) accacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCa < 1:2079263‑M2/12‑1 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 1:406222‑M2/122‑135 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 1:98688‑M2/122‑135 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 2:2278444‑M2/122‑135 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 1:1697951‑M2/114‑134 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 2:2945132‑M2/114‑134 (MQ=255) gtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTa < 1:1620861‑M2/22‑1 (MQ=255) tggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATcc > 1:1794918‑M2/112‑122 (MQ=255) tggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATc < 1:1071572‑M2/10‑1 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAg > 1:2148003‑M2/109‑131 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 1:2442905‑M2/109‑134 (MQ=255) agcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTg < 2:613981‑M2/31‑1 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTgg > 2:1146870‑M2/104‑135 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTgg > 1:3243948‑M2/104‑135 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTgg > 1:1196033‑M2/104‑135 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTgg > 2:2122218‑M2/104‑135 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATACATGGATGTTTAGCTAAGCTgg > 1:2344422‑M2/104‑135 (MQ=255) gagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGga > 2:1705519‑M2/102‑135 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGagag < 1:3019653‑M2/37‑1 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCa < 1:716019‑M2/39‑1 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCa < 2:3015994‑M2/39‑1 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCa < 1:1869649‑M2/39‑1 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ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc > 1:3444144‑M2/83‑127 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 2:68409‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 2:2378783‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 1:1328742‑M2/83‑135 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCag > 1:1740719‑M2/81‑135 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattggagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAgg > 1:3522903‑M2/78‑135 (MQ=255) 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gtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACtttt > 2:2821430‑M2/11‑135 (MQ=255) gtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACtttt < 1:2647721‑M2/125‑1 (MQ=255) gccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 1:1928773‑M2/128‑1 (MQ=255) gccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGACTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 2:195076‑M2/128‑1 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1398701‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1000511‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1534893‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:134391‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:1412488‑M2/6‑135 (MQ=255) acgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa < 2:3391765‑M2/130‑1 (MQ=255) acgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa < 1:25007‑M2/130‑1 (MQ=255) acgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa < 2:233669‑M2/130‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |