| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_34 | 2046 = | 123 (0.430) | 145 (0.590) +T |
37/252 | 2.7 | 70.4% | intergenic (‑223/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | PaaD‑like protein (DUF59) involved in Fe‑S cluster assembly/– |
| ? | AssemblyC74_contig_35 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Co‑activator of prophage gene expression IbrA | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCATAT > AssemblyC74_contig_35/1‑135 | cctcctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACt < 2:2832405‑M2/66‑1 (MQ=255) tcctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTa < 1:2515422‑M2/68‑1 (MQ=255) tcctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTa < 2:698349‑M2/68‑1 (MQ=255) tcctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTa < 1:1793712‑M2/68‑1 (MQ=255) ggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGaaa > 2:1060912‑M2/64‑135 (MQ=255) ggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGaaa > 2:2396783‑M2/64‑135 (MQ=255) atgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGaaaaa < 2:1279115‑M2/74‑1 (MQ=255) atgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGaaaaa < 2:2045595‑M2/74‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAat < 2:1190919‑M2/76‑1 (MQ=255) ttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGaaa < 1:2089891‑M2/42‑1 (MQ=255) 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caccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAAc < 1:508607‑M2/95‑1 (MQ=255) caccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAAc < 1:3415316‑M2/95‑1 (MQ=255) accttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCg < 2:1593661‑M2/88‑1 (MQ=255) accttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACg > 2:1258889‑M2/40‑135 (MQ=255) ccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGt < 1:2161054‑M2/97‑1 (MQ=255) ccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGt < 2:924852‑M2/97‑1 (MQ=255) cttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTa < 1:3055312‑M2/98‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGaaaa < 2:625402‑M2/43‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGaaaa > 1:625402‑M2/35‑77 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGaaaa < 1:1430091‑M2/43‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAGCTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTGTCAACGTAGa > 1:3488087‑M2/35‑134 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCg > 2:3149736‑M2/35‑122 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACg < 1:31584‑M2/96‑1 (MQ=255) 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atAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCat > 2:3278874‑M2/3‑135 (MQ=255) atAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCat > 2:1149733‑M2/3‑135 (MQ=255) atAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCat > 1:868725‑M2/3‑135 (MQ=255) tAGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCata < 2:2640415‑M2/134‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:2507939/135‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:2641881/135‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:720189/135‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:3144618/135‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:334420/135‑1 (MQ=255) aGACTAATTCCAGTAAAAAACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAAATACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCatat < 1:52389/135‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGACTAATTCCAGTAAAACACCTGAGTCTTTTCCTCCAGAAAAAGCAACTACTATATGGTCAAACTTAGAAAAAATATACTCTAATCGTTTCAACGTAGAATCCTATACATTTTCATCTGAAATCCTTTTCATAT > AssemblyC74_contig_35/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |