| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | AssemblyC74_contig_31 | = 3396 | 0 (0.000) | noncoding (118/118 nt) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_5S_rRNA | 5S rRNA # 5S ribosomal RNA ‑ 3 prime truncation | |||||
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ACTAAAGCAATAAAATGGAATTTTACTAAATTTTTGATTGATAGAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_20/15728‑15862 | cTAAAGCAATAAAATGGAATTTTACTAAATTTTTGATTGATAGAAATGTCAAAGTAATCGAACGAGTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGATGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATa > 2:2137012‑M1/1‑134 (MQ=255) cTAAAGCAATAAAATGGAATTTTACTAAATTTTTGATTGATAGAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATa > 1:1931131‑M1/1‑134 (MQ=255) cTAAAGCAATAAAATGGAATTTTACTAAATTTTTGATTGATAGAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATa > 2:783154‑M1/1‑134 (MQ=255) cTAAAGCAATAAAATGGAATTTTACTAAATTTTTGATTGATAGAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATa > 2:1238166‑M1/1‑134 (MQ=255) 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atAGAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgccttt < 2:1352535‑M1/135‑41 (MQ=255) gAAATGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgcctttgcg > 1:2344792‑M1/1‑92 (MQ=255) aTGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgcctttgcgtg < 1:1657036‑M1/134‑46 (MQ=255) aTGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgcctttgcgtg < 1:1509978‑M1/134‑46 (MQ=255) aTGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgcctttgcgtg < 2:1525906‑M1/134‑46 (MQ=255) aTGGCAAAGTAATCGAACGATTTGCACCACAAACTTCTCCATTGAAAATGACCGCTGCAATTGAATCCGTTCTTTAACTTAATAAAAATaaaaaaagatgaactatttctagttcatctttttgcctttgcgtg < 1:1812848‑M1/134‑46 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |