| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 1283 total aligned reads displayed.
CAATAAGCGAACATGCTGTTCATATTCGTAACATTCGACGTATCAAACCCGCGCATATCAATGGTCTTTGCTTTTGAAGAATTGAAAAGATATGACCAGTCAGTATCCAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTTCCTTTAGAGAGATCGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCGGTATAGTTCGTC > AssemblyC74_contig_43/863‑1126 | aaTAAGCGAACATGCTGTTCATATTCGTAACATTCGACGTATCAAACCCGCGCATATCAATGGTCTTTGCTTTTGAAGAATTGAAAAGATATGACCAGTCAGTATCCAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAg > 1:197618/1‑135 (MQ=255) aaTAAGCGAACATGCTGTTCATATTCGTAACATTCGACGTATCAAACCCGCGCATATCAATGGTCTTTGCTTTTGAAGAATTGAAAAGATATGACCAGTCAGTATCCAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAg > 2:852386/1‑135 (MQ=255) gtaagaattcatgtttgttacgtttgcagtatcaaaccctcgcatatcgatggttgttactgtcttattatatgaaaaaaggtctttccaattagtgtctAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAGTGGCGGa < 1:1010105‑M1/35‑1 (MQ=255) acatatcagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgatggttgtaacttttgcatcgcggaaaagtacaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGaaa < 2:2426576‑M1/16‑1 (MQ=255) catatcagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgatggttgtaacttttgcatcgcggaaaagtccaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGaaa > 2:933993‑M1/119‑134 (MQ=255) aattcatgtttgttacgtttgcagtatcaaaccctcgcatatcgatggttgttactgtcttattatatgaaaaaaggtctttccaattagtgtctAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAGTGGCGGAAAAGc < 1:1445821‑M1/40‑1 (MQ=255) atcagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgatggttgtaacttttgcatcgcggaaaagtccaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCt > 2:795305‑M1/116‑135 (MQ=255) cagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgattgttgtaacttttgcatcgcggaaaagtccaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCtt < 1:2433467‑M1/21‑1 (MQ=255) cagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgatggttgtaacttttgcatcgcggaaaagtccaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCtt < 1:2269565‑M1/21‑1 (MQ=255) cagtcatatctgtaacattcgacatatcaaacccacgcatatcgatggttgtaacttttgcatcgcggaaaagtccaaacaagttagtgtccaacactttgatctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCtt < 1:1399755‑M1/21‑1 (MQ=255) 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tctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTGCCTTTAGAGAGATCGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCgg < 2:15360‑M1/124‑1 (MQ=255) tctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTGCCTTTAGAGAAATTGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGAACATTGGTCTTATCGCCgg < 2:652213‑M1/124‑1 (MQ=255) tctctttgtttGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTGCCTTTAGAGAAATTGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGAACATTGGTCTTATCGCCgg < 2:731294‑M1/124‑1 (MQ=255) TTTCTTTATTCGTTCCAGTGTCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTTCCTTTAGAGAGATCGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGTTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCgg < 1:2116456‑M1/135‑1 (MQ=255) TTTCTTTATTCGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTGCCTTTAGAGAGATCGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCgg < 2:1385528‑M1/135‑1 (MQ=255) gtttGTTCCAGTGGCGGAATAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACTTTGCCTTTAGAGAAATTGCTTCAGGTTTTTTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGAACATTGGTCTTTTCGCCGGTATAGtt > 1:28932‑M1/5‑135 (MQ=255) 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CAATAAGCGAACATGCTGTTCATATTCGTAACATTCGACGTATCAAACCCGCGCATATCAATGGTCTTTGCTTTTGAAGAATTGAAAAGATATGACCAGTCAGTATCCAACACTTTGATTTCTTTATTCGTTCCAGTGGCGGAAAAGCTTGTCAAGCCTTTTAAGTTCAAGGCATTAGACATTTCCTTTAGAGAGATCGCTACAGGTTTATTTTTGAAAGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCGGTATAGTTCGTC > AssemblyC74_contig_43/863‑1126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |