| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | AssemblyC74_contig_39 | = 1643 | 0 (0.000) | intergenic (‑5/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– | |||||
Only 100 of 1725 total aligned reads displayed.
CCGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_39/1509‑1643 | cGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCtta < 2:141785/135‑2 (MQ=255) cGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTg > 1:1696939‑M2/1‑134 (MQ=255) gTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgc < 1:2300640‑M2/135‑3 (MQ=255) ttCGCCACTCTTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:643234‑M2/135‑4 (MQ=255) 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ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 2:2386276‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 1:1556567‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 1:1221808‑M2/1‑81 (MQ=255) tCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtt < 2:1598368‑M2/135‑56 (MQ=255) cTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgtt < 2:206638‑M2/135‑60 (MQ=255) gCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtc < 1:1007350‑M2/135‑63 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |