| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_21 | 1 = | 0 (0.000) | 183 (0.520) | 56/258 | 1.1 | 100% | intergenic (–/+243) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Sucrose operon repressor ScrR, LacI family |
| ? | AssemblyC74_contig_57 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 423 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTTCCCTT > AssemblyC74_contig_57/1‑135 | gttagacttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTa > 1:622449‑M2/134‑135 (MQ=255) agacttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatta < 1:931508‑M2/2‑1 (MQ=255) agacttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatta < 1:2175551‑M2/2‑1 (MQ=255) tcttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacatctgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttatgttttatccgttcacTATTgta < 2:950560‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 2:1068926‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 1:879821‑M2/7‑1 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTgta < 1:70244‑M2/7‑1 (MQ=255) cttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgacattggacgggactttgccaggttaatttctgttttatccgttcacTCTTgta > 1:1060052‑M2/128‑134 (MQ=255) ttttttggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta < 1:1431754‑M2/7‑1 (MQ=255) ttggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAAt < 2:2131663‑M2/12‑1 (MQ=255) tggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATa < 1:375263‑M2/13‑1 (MQ=255) tggagtggagaactccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAg < 2:1675752‑M2/14‑1 (MQ=255) tggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacgtttgttttacgaaattggacggtacttttccagtttaatttctgttttatccgttctcTATTTTAGTATTAg > 2:1272980‑M2/122‑135 (MQ=255) tggagtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAg < 1:507202‑M2/14‑1 (MQ=255) ggagtggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAg < 1:2404533‑M2/14‑1 (MQ=255) tggagaaatccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGata < 2:241663‑M2/17‑1 (MQ=255) gtggagaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGata < 2:428454‑M2/17‑1 (MQ=255) agaaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCt > 1:1120983‑M2/114‑135 (MQ=255) aaatccactccttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTAt > 1:1964637‑M2/112‑135 (MQ=255) atccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTAt < 1:2458706‑M2/24‑1 (MQ=255) ccactccttttttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGa < 1:262345‑M2/27‑1 (MQ=255) actcctattttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATg < 1:808243‑M2/29‑1 (MQ=255) 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cttttttcatgctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatcagttcacTATTTTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGa > 2:1470073‑M2/102‑135 (MQ=255) ttttatgctctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGAtttt > 1:403813‑M2/98‑135 (MQ=255) ctctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTgta > 2:2200615‑M2/91‑97 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 2:785433‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 2:547308‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 1:1485539‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg < 1:1761335‑M2/47‑1 (MQ=255) ctaaaatgatatttttacacaacagttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATATATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCg > 1:2521001‑M2/89‑135 (MQ=255) tttttacacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTtata > 1:304447‑M2/78‑135 (MQ=255) ttttacacaactgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagtttaatttctgttttatccgttcacTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATaa > 1:2342278‑M2/77‑135 (MQ=255) acacaaccgttacggttgttttacgaaattggacgagactttgccagtttaatttctgttttatccgttcatTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACt > 1:1656587‑M2/73‑134 (MQ=255) ctgttacggttgttttacgaaattggacgggactttgccagttgaatttctgttttatccgttcacTAGTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATGTACTGTCCCGt > 2:2014832‑M2/67‑135 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTTCCCTT > AssemblyC74_contig_57/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |