| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_31 | = 3396 | 0 (0.000) | 688 (0.590) | 111/258 | 0.1 | 100% | noncoding (118/118 nt) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_5S_rRNA | 5S rRNA # 5S ribosomal RNA ‑ 3 prime truncation |
| ? | AssemblyC74_contig_54 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑13) | –/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | –/tRNA‑Val‑TAC | |||||
Only 100 of 692 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 | aaaagataacaccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgctt < 1:33877‑M2/2‑1 (MQ=255)aaaagataacaccacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgctt < 2:2077195‑M2/2‑1 (MQ=255) accacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCa < 2:1765843‑M2/12‑1 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 1:71309‑M2/122‑135 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 2:2191406‑M2/122‑135 (MQ=255) tggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAg < 2:1876224‑M2/17‑1 (MQ=255) tggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAg < 2:191695‑M2/17‑1 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgagtgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 1:1231220‑M2/114‑134 (MQ=255) tggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAg > 1:412998‑M2/112‑134 (MQ=255) tggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAg > 1:1731576‑M2/112‑134 (MQ=255) ggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacaccgaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCt > 2:2266266‑M2/111‑135 (MQ=255) ggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgagtgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCt > 1:457268‑M2/111‑135 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 1:2459504‑M2/109‑134 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 2:2160500‑M2/109‑134 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 2:1382085‑M2/109‑134 (MQ=255) gatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCa < 1:1558945‑M2/27‑1 (MQ=255) 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gagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagaggaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGga > 2:2296641‑M2/102‑135 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGagag < 2:374819‑M2/37‑1 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCa < 2:723488‑M2/39‑1 (MQ=255) acctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCa > 2:404036‑M2/91‑117 (MQ=255) acctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc < 2:1235262‑M2/45‑1 (MQ=255) acctgtaaccacgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc < 1:888272‑M2/45‑1 (MQ=255) 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aggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTaa < 1:1052652‑M2/80‑1 (MQ=255) aggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCt > 1:599452‑M2/16‑133 (MQ=255) gtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACtttt > 1:2318561‑M2/11‑135 (MQ=255) gtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACtttt > 1:1468305‑M2/11‑135 (MQ=255) gccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTaa < 1:209483‑M2/127‑1 (MQ=255) gccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 1:648678‑M2/128‑1 (MQ=255) gccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 2:1392346‑M2/128‑1 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTAc > 2:250158‑M2/6‑54 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1303535‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1174491‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:1960013‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:2057706‑M2/6‑135 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |