| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AssemblyC74_contig_54 | = 611 | 0 (0.000) | 314 (0.590) | 85/258 | 0.0 | 100% | intergenic (+1/–) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE/– | tRNA‑Arg‑ACG/– |
| ? | AssemblyC74_contig_63 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑8) | –/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | –/tRNA‑Pro‑TGG | |||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTT > AssemblyC74_contig_63/1‑134 | gcggtgagtgatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaatgttaggggttcgactcctcttgggcgcgttaattaa < 1:662059‑M2/7‑1 (MQ=255) ggtgagtgatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAAc > 2:1066803‑M2/127‑135 (MQ=255) ggtgagtgatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAAc > 2:270324‑M2/127‑135 (MQ=255) agtgatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACggg < 2:2323474‑M2/12‑1 (MQ=255) gatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgttaatt < 1:2509055‑M2/5‑1 (MQ=255) gatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGt > 1:997636‑M2/120‑135 (MQ=255) gatcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaacgggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGt > 2:2047526‑M2/120‑135 (MQ=255) atcaccgtaccggttcgattccggtcctcgtcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAg < 1:1106284‑M2/15‑1 (MQ=255) atcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTa < 1:961926‑M2/17‑1 (MQ=255) atcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTa < 1:1930927‑M2/17‑1 (MQ=255) atcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTa < 2:324495‑M2/17‑1 (MQ=255) atcaccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggataaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTa < 1:2205710‑M2/17‑1 (MQ=255) ccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTc > 2:2346448‑M2/115‑135 (MQ=255) ccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTc > 2:435964‑M2/115‑135 (MQ=255) ccgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTc > 1:1367740‑M2/115‑135 (MQ=255) cgtaccggttcgattccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCa < 2:1315851‑M2/22‑1 (MQ=255) 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ttccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTagag > 2:488354‑M2/101‑133 (MQ=255) ttccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggagcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTagag > 2:2571536‑M2/101‑133 (MQ=255) ttccggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggagagagtgtttgactacggatcaaaaggtaaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTagag > 1:1432340‑M2/101‑133 (MQ=255) ggtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTg < 1:849422‑M2/39‑1 (MQ=255) gtcctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTgg < 2:2384738‑M2/40‑1 (MQ=255) ctcggcatttcaaatatgcgcccatagctcaactggatagagtgtttgactacggatcaaaaggttaggggttcgactcctcttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGc < 2:785471‑M2/34‑1 (MQ=255) 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1:150954‑M2/11‑135 (MQ=255) ttgggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGagag < 2:685065‑M2/125‑1 (MQ=255) gggcgcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAgc > 2:2264334‑M2/9‑134 (MQ=255) tcgtTAATGAAACGCGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGATTGGGACCAAGGGGACGAAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAAATATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCt < 1:1997384‑M2/130‑1 (MQ=255) gcgtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCt < 2:2529836‑M2/130‑1 (MQ=255) gtTAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCt > 1:308745‑M2/3‑135 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTaaa > 1:1246413/1‑98 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCtt > 1:184893/1‑134 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCtt > 2:1088924/1‑134 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCtt > 2:867421/1‑134 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCtt > 2:1878495/1‑134 (MQ=255) tAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCGTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCtt > 2:621700/1‑134 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTAAACGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGATAATTATAAATTTAAACACGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTT > AssemblyC74_contig_63/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |