| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,194 | 0 | C | T | 76.8% | 1837.8 / inf | 1024 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 | |||||||||||
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| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,195 | 0 | G | A | 76.6% | 1806.8 / inf | 1028 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/115); new base A (355/425); total (483/545) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-03 | |||||||||||
Only 100 of 1029 total aligned reads displayed.
TCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACA > AssemblyC74_contig_12/59060‑59323 || cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGtt > 2:1136718/1‑134 (MQ=255) cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 2:523339/135‑1 (MQ=255) cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 1:599463/135‑1 (MQ=255) cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGgc < 2:1471307/135‑1 (MQ=255) 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< 2:1999812/76‑1 (MQ=18) gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTg > 1:1999812/1‑76 (MQ=18) gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 2:2189678/1‑135 (MQ=14) aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacc > 1:1961379‑M2/1‑100 (MQ=255) cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtt > 2:1020370‑M1/1‑127 (MQ=255) cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:1809209/135‑5 (MQ=14) cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:273183/1‑131 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |