| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_24 | 1 = | 0 (0.000) | 208 (0.750) +CTGACGTGTCCGT |
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| ? | AssemblyC74_contig_24 | = 215 | 297 (0.960) | coding (215/420 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TCCGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_24/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTATCACTTGTTGTGGTAGA < AssemblyC74_contig_24/215‑138 ||||||||||||| TCCGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGC < 2:2618590/134‑1TCCGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGC < 1:1423758/134‑1 ctGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTG > 1:1936775/3‑135 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TAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGA < 2:1397891/118‑1 TAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGA > 1:1397891/1‑118 GAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTC < 2:2098734/134‑1 GAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGT > 1:2289569/1‑92 AGTCTCTGTCCTGTCGCGTGTAGCTGATGTGTCCGTGATATCTCTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGAAGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTG < 1:2889273/134‑1 AGTCTCTGTACTTTCTCTTGAAGCTGATGTCTCCGAGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCTCTTGAAGCTGACGTTTCCGTGCTATCACTTGTGGTTGATGTAGTATCTGTACTGTCGCTTG < 2:1914052/134‑1 ATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTC < 2:900122/126‑1 TCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTTTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG < 2:315368/102‑1 TCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCT < 1:2373096/135‑1 TCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTC > 1:1270957/1‑125 TCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTC < 2:1270957/125‑1 TCTGTACTGTCACTTGAAGCTGACGTGTCCGTTCTTTCACTTGTCGTAGAGGTTGTATCTGTACTGTCGCTTGATGCTGACGAGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCT < 1:2822800/135‑1 CTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAG > 1:1839569/1‑111 ACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG > 1:2676642/1‑97 ACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG < 2:2676642/97‑1 CTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTTTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGT < 2:2221416/134‑1 TGTCTCTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG < 2:729209/95‑1 TGTCTCTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG < 1:2141784/95‑1 TGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG > 2:2141784/1‑95 TGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGAAGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCTCTTGAAGATGATGTG > 2:661291/1‑134 gCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAATCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGT > 2:1409315/2‑135 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCG > 1:2549660/1‑133 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGA > 2:1773151/1‑95 CTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAATCTGAAGTGTCCGTGCTGTCACATGTGGTAGAGGTATTATATGTACAGTCCCATTAAACTGATGTGTCCG > 2:1887095/1‑133 CTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCG > 1:1439523/1‑133 CTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCG > 1:2424312/1‑133 AGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTAT > 2:2067458/1‑134 AGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG > 1:329532/1‑85 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< 2:1906110/62‑1 GTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATC < 2:1159197/101‑1 GTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATC > 1:1159197/1‑101 TAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTG < 2:2746131/78‑1 TAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAG > 2:2297253/1‑60 TAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAG < 1:2297253/60‑1 AGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG < 1:1197875/49‑1 ATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGA < 2:1634051/51‑1 TCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGA < 1:2846576/50‑1 TCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTG > 2:2022799/1‑45 TGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGT < 2:2203211/87‑1 TACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTGTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTC < 1:2853373/64‑1 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TCCGTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_24/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTATCACTTGTTGTGGTAGA < AssemblyC74_contig_24/215‑138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |