New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AssemblyC74_contig_1 | = 261 | 278 (0.890) | 204 (0.650) | 56/254 | 2.3 | 59.7% | intergenic (–/‑331) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Two‑component transcriptional response regulator, OmpR family |
? | AssemblyC74_contig_7 | 2 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+269) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Lysyl‑tRNA synthetase (class II) (EC 6.1.1.6) |
Only 100 of 494 total aligned reads displayed.
ATTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTATTTTTTATTATTTAATAAGTTATTGGTGTTCTTTTGAACAAATAATAATATATCAACATCACATGTGAAAGTCAATAAGAAAATGCTTATTTATCAACATTTCTAGCTTACATGATCATTGGTTAGTTCT > AssemblyC74_contig_1/127‑392 | aTTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTT > 2:144059‑M1/1‑135 (MQ=255) aTTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTT > 1:421627‑M1/1‑135 (MQ=255) aTTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAAATT > 2:2578312‑M1/1‑135 (MQ=255) aTTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTAGATAGAATCAATCTTCGCAATTGTTTCTTTTTTAAAGACTCAGTTATCTTATCATGTCTTTATTAACATGTAAATAACTT > 1:2472146‑M1/1‑135 (MQ=255) tttATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACACGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATATTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTa > 1:1001873/1‑135 (MQ=255) tttATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTa > 1:2608542/1‑135 (MQ=255) tATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTAtt > 1:282229/1‑135 (MQ=255) cATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTAttttt < 2:2294850/135‑1 (MQ=255) cATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTAttttt < 1:1680596/135‑1 (MQ=255) aTAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAAC‑TATTTTtta > 1:2133428/1‑135 (MQ=11) 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tATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTTttttgttatgttt > 1:2151658‑M1/1‑122 (MQ=255) tATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTTttttgttatgttt > 2:1860498‑M1/1‑122 (MQ=255) tATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAAC‑TATTTTttaaatttt > 1:2710516/1‑129 (MQ=11) aTCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTATTTTTTATTAttt < 2:1499636/135‑1 (MQ=255) tCGTTTGTTATTTGTCAATAACTTTTTTGAATTTTTTTTCGATTGAATCAAGCTTCGAAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTTttttgttatgttttt < 1:650609‑M1/135‑16 (MQ=255) gTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTTttttgttatgtttttga > 2:1135177‑M1/1‑118 (MQ=255) 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gTCAACAACTTATTTTTTATTATTTAATAAGTTATTGGTGTTCTTTTGAACAAATAATAATATATCAACATCACATGTGAAAGTCAATAAGAAAATGCTTATTTATCAACATTTCTAGCTTACATGATCATTGGt > 1:1247335/1‑135 (MQ=255) caataaCTTttttgttatgtttttgaataaatattttcttctgtcttttggacaagtaataatataccaactaaatttagcttggtcaacgaattttttgtattttttcaagtttttttcaataaacgattattc > 2:1635975‑M1/1‑9 (MQ=255) aataacttttttgttatgtttttgaataaatattttcttctgtcttttggacaagtaataatataccaactaaatttagcttggtcaacgaattttttgtattttttcaagtttttttcaataaacgattattca > 1:910424‑M1/4‑8 (MQ=255) aataacttttttgttatgtttttgaataaatattttcttctgtcttttggacaagtaataatataccaactaaatttagcttggtcaacgaattttttgtattttttcaagtttttttca < 1:2274664‑M1/117‑113 (MQ=255) aacaacTTATTTTTTATTATTTAATAAGTTATTGGTGTTCTTTTGAACAAATAATAATATATCAACATCACATGTGAAAGTCAATAAGAAAATGCTTATTTATCAACAt < 2:2897160/109‑1 (MQ=255) ataacttttttgttatgtttttgaataaatattttcttctgtcttttggacaagtaataatataccaactaaatttagcttggtcaacgaattttttgtattttttcaagtttttttcaataaacgattattcat > 2:563164‑M1/3‑7 (MQ=255) | ATTTATCATAACTTATCGTTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCCAACATGTCAACAACTTATTTTTTATTATTTAATAAGTTATTGGTGTTCTTTTGAACAAATAATAATATATCAACATCACATGTGAAAGTCAATAAGAAAATGCTTATTTATCAACATTTCTAGCTTACATGATCATTGGTTAGTTCT > AssemblyC74_contig_1/127‑392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |