| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_12 | 59059 = | 131 (0.420) | 476 (1.610) +ATCCTG |
62/244 | 1.4 | 80.0% | coding (279/672 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| ? | AssemblyC74_contig_18 | 27021 = | 119 (0.390) | coding (2179/2232 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1202 total aligned reads displayed.
TGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAGCCATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCC > AssemblyC74_contig_12/58925‑59193 | tGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAGCCATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACt < 1:742466/135‑1 (MQ=255) gtttctaccagctgatacactcctggtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTtc < 1:2307824‑M1/95‑1 (MQ=255) gTTTCTACCAGCTGATATTCTCCTGGTGCTAAGCCATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTtc > 1:2354937/1‑134 (MQ=255) ccAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAGCCATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCttt > 1:1548418/1‑135 (MQ=255) gatatgctcctggtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCAt < 2:7157‑M1/109‑1 (MQ=255) ggtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTc < 2:2568827‑M1/120‑1 (MQ=255) ggtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGATCCATAGGCATCTAGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGTACTTCCCCTCTTTGGTCATAGATCTTTGTc < 1:817545‑M1/120‑1 (MQ=255) gtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTc < 2:577744‑M1/120‑1 (MQ=255) gtgctaagccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCa > 2:2256379‑M1/15‑135 (MQ=255) gTGCTACGCCGTCAACCGCCAGTTTTCCCTCTGCTCCTGAGGATAGACCTTACAGCAGAACGTGTCCTCTGGCACCTTGTAACTCAAAAACAGCACCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCa < 2:2168573/135‑1 (MQ=14) ccgtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGGCATCGATCTTTGTCAACACGac < 2:2194190‑M1/128‑1 (MQ=255) cATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACg < 1:2788402/131‑1 (MQ=255) gtcaATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACAcc > 1:103706‑M1/5‑135 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACAcc < 2:108707/135‑1 (MQ=255) ATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGAGTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGacac < 1:2188212‑M1/130‑1 (MQ=255) ATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCt < 2:13563‑M1/135‑1 (MQ=255) ATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCt < 1:1512432‑M1/135‑1 (MQ=255) ATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCt < 1:403302‑M1/135‑1 (MQ=255) AGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTa > 2:263244‑M1/1‑135 (MQ=255) GTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTaa < 1:1950650‑M1/135‑1 (MQ=255) ctctTGTTGTTAGACCTGACTTAAGTTCGGTTCCATTGGAATCTTTTAACTCTAATACAGCTCCTTGCAGGTCTTCACCGCTTTTGTCATCGATCTTTGTCAAAACTACACCGCCTTTTGTAAGTCGGTtttctt < 2:2769462/135‑1 (MQ=255) CCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATtttctttc < 2:188668‑M1/135‑1 (MQ=255) GTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTc > 1:2084853‑M1/1‑135 (MQ=255) GTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCGTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCaa < 2:347062‑M1/134‑1 (MQ=255) AGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCACCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTc > 2:1754829‑M1/1‑134 (MQ=255) ccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac < 2:228964‑M1/75‑1 (MQ=255) CCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac < 2:1308179‑M1/134‑1 (MQ=255) cggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTacca > 1:2424066‑M1/59‑135 (MQ=255) cggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac > 2:2738001‑M1/59‑133 (MQ=255) cggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagatccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTacca > 1:1794139‑M1/59‑135 (MQ=255) cggattgtcgcgtctctccttctcggttctgtaactcaaaaacagcaccttgcaggatTTCCCGGCTTTGGTCTACGATCTTTGTCAACACGCCACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTacca > 2:1037623‑M1/59‑135 (MQ=255) CTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTac > 1:1107078‑M1/1‑133 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCa < 2:910454‑M1/29‑1 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACAcc > 1:1274357‑M1/58‑96 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:1004693‑M1/78‑1 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:2884351‑M1/78‑1 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:97250‑M1/78‑1 (MQ=255) ggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2822509‑M1/78‑1 (MQ=255) TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:74783‑M1/135‑1 (MQ=255) TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:2147307‑M1/135‑1 (MQ=255) TGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:839726‑M1/135‑1 (MQ=255) tgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAacac < 2:2406834‑M1/33‑1 (MQ=255) tgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGc > 1:2636570‑M1/54‑134 (MQ=255) TGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGc > 2:1499855‑M1/1‑134 (MQ=255) GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:428491‑M1/130‑1 (MQ=255) GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:1189805‑M1/130‑1 (MQ=255) 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cAGCTCC‑TGCAGGATTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGc > 1:2014665/1‑135 (MQ=255) CAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCg > 1:2680440‑M1/1‑135 (MQ=255) tctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCa > 1:22742‑M1/15‑135 (MQ=255) cttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACg < 1:1621602‑M1/34‑1 (MQ=255) cctgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCa > 1:2052691‑M1/11‑131 (MQ=255) CTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACg < 2:2524715‑M1/44‑1 (MQ=255) CTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCatcta < 1:2510919‑M1/135‑3 (MQ=255) CTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCatcta < 2:2359764‑M1/135‑3 (MQ=255) tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 1:1842861‑M1/9‑135 (MQ=255) tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 2:2114262‑M1/9‑135 (MQ=255) tgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 1:1198256‑M1/9‑135 (MQ=255) cGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAAt > 1:2243139‑M1/2‑135 (MQ=255) TGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAAt > 2:1647141‑M1/1‑135 (MQ=255) TGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAAt > 2:1829654‑M1/1‑135 (MQ=255) TGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAAt > 1:1748500‑M1/1‑135 (MQ=255) caggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTc > 2:1613742‑M1/7‑135 (MQ=255) CAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTc > 2:2018282‑M1/1‑135 (MQ=255) aggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTacca > 1:544169‑M1/6‑82 (MQ=255) AGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCa < 2:2678420‑M1/135‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAccc < 2:305156/135‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATAccc < 2:1540918/135‑1 (MQ=255) | TGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAGCCATCTATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCC > AssemblyC74_contig_12/58925‑59193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |