| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_1 | = 443528 | 10 (0.030) | 1894 (1.710) +C |
138/254 | 0.0 | 99.7% | intergenic (+657/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | Conserved hypothetical protein ArsC related/– |
| ? | AssemblyC74_contig_39 | = 1643 | 0 (0.000) | intergenic (‑5/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– | |||||
Only 100 of 1944 total aligned reads displayed.
CCGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_39/1509‑1643 | cGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCtta < 2:2074918/135‑2 (MQ=255) cGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTg > 1:2842644‑M2/1‑134 (MQ=255) gTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgc < 1:2266854‑M2/135‑3 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:1848810‑M2/135‑4 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:1256601‑M2/135‑4 (MQ=255) cGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTacgat < 1:1569389‑M2/135‑6 (MQ=255) gCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgatt < 1:2646970‑M2/135‑7 (MQ=255) gCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgatt < 1:816124‑M2/135‑7 (MQ=255) cACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgt < 1:1315872‑M2/135‑9 (MQ=255) cACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgt < 1:1660064‑M2/135‑9 (MQ=255) 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ggTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtt > 2:2643956‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtt > 1:2473044‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtt > 1:1363203‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtt > 2:1476319‑M2/1‑112 (MQ=255) ggAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTacgattgttaagctcaatttgtttgc < 1:75933‑M2/135‑27 (MQ=255) gAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgc > 2:1138331‑M2/1‑108 (MQ=255) 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agaagCGTTCGACTGGCATGGATGAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAACCTCTCATAAACAGTTCGAACAATCTTacgattgttaagctcactttgattgctagcatattgcttgcttgtta > 2:2300462‑M2/1‑88 (MQ=255) gaagCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaa < 2:1888627‑M2/135‑49 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCGAGCGTTCGTCATGAGCCAGGATCAAACTATCATAAAAAGTTCGAACTATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcttattgcttgcttgttaaaaatgt > 2:1336172‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 1:1401601‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 1:2328343‑M2/1‑81 (MQ=255) ttCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgt > 1:1711755‑M2/1‑81 (MQ=255) cGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTacgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaaatgt > 1:2585332‑M2/1‑79 (MQ=255) cGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTacgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaaatgt > 1:1927036‑M2/1‑79 (MQ=255) gACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttg < 2:4320‑M2/135‑58 (MQ=255) gACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgttta < 2:874441‑M2/135‑58 (MQ=255) tGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtctt > 1:1224772‑M2/1‑70 (MQ=255) tGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtctt > 1:2205419‑M2/1‑70 (MQ=255) ttAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaat > 1:2810553‑M2/1‑66 (MQ=255) ggCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaattga < 1:2676358‑M2/134‑72 (MQ=255) ggCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaattga < 2:325428‑M2/134‑72 (MQ=255) cACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaattgaatc < 1:332483‑M2/135‑75 (MQ=255) aCGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACACTCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaattgaatc > 1:2365201‑M2/1‑60 (MQ=255) aCGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgttaagctcaatttgtttgctagcatattgcttgcttgttaaaaatgtttgttgtcttgaattgaatca < 1:1153932‑M2/135‑76 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |