| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_31 | = 3396 | 0 (0.000) | 724 (0.570) | 127/256 | 0.0 | 100% | noncoding (118/118 nt) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_5S_rRNA | 5S rRNA # 5S ribosomal RNA ‑ 3 prime truncation |
| ? | AssemblyC74_contig_54 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑13) | –/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | –/tRNA‑Val‑TAC | |||||
Only 100 of 725 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 | accacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCa < 2:1784995‑M2/12‑1 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 1:2408754‑M2/122‑135 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 2:2448889‑M2/122‑135 (MQ=255) cacagtgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgcagaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggaagtcgccacgcTTAAGTTATCCATg > 2:1552594‑M2/122‑135 (MQ=255) tgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGt > 2:700726‑M2/117‑135 (MQ=255) tgtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcctcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGt > 1:47730‑M2/117‑135 (MQ=255) gtggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGtt > 2:914766‑M2/116‑135 (MQ=255) tggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt < 2:1907873‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 2:495530‑M2/114‑134 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 2:526141‑M2/114‑134 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattggagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 2:1516984‑M2/114‑134 (MQ=255) ggtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattggagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGttt > 2:1473517‑M2/114‑134 (MQ=255) gtggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTa < 1:859414‑M2/22‑1 (MQ=255) tggcgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAg > 1:1163712‑M2/112‑134 (MQ=255) ggcgagagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGc < 2:1077136‑M2/24‑1 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgcctaatgtagtgaggggttgccccttgggagagtaggacgtcgccacgcTTAACTTATCCATGGAGGATTAGCTc > 2:2215115‑M2/109‑134 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 2:2243641‑M2/109‑134 (MQ=255) cgatagcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTc > 2:1139241‑M2/109‑134 (MQ=255) agcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacaccgaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTg < 2:173468‑M2/31‑1 (MQ=255) agcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTg < 2:29313‑M2/31‑1 (MQ=255) agcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTg < 1:766114‑M2/31‑1 (MQ=255) gcgagaaggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTgg > 1:1957051‑M2/104‑135 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATcc > 1:1752386‑M2/97‑107 (MQ=255) ggatacacctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGagag < 1:2737031‑M2/37‑1 (MQ=255) acctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc < 1:1864376‑M2/45‑1 (MQ=255) acctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc > 2:628504‑M2/91‑135 (MQ=255) acctgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGcc < 1:526111‑M2/45‑1 (MQ=255) tgtaaccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCa < 1:1012824‑M2/12‑1 (MQ=255) accatgcagaacccagaatttaagcttcttagcgccgtttgtagtgaggggttgccccttgtgataggaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGTGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAg < 1:1914062‑M2/52‑1 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgctt > 1:2163219‑M2/83‑84 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 2:1273835‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 2:277590‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 1:1366424‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 2:184479‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTGACAAGc > 2:1683601‑M2/83‑135 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgagtgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGc > 1:444936‑M2/83‑135 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCag > 1:2845652‑M2/81‑135 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCag > 2:1877851‑M2/81‑135 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCag > 1:1229404‑M2/81‑135 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagcttcttagcgccgattgtagtgaggggttgccccttgtgagagtaggacgtcgccacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAgg > 1:1404741‑M2/78‑135 (MQ=255) 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gccacgcTAAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCGGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 2:1405468‑M2/128‑1 (MQ=255) gccacgaTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAAt < 1:2030995‑M2/128‑1 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:2536050‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1455789‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:605804‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:1136486‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 1:2101489‑M2/6‑135 (MQ=255) cacgcTTAAGTTAACCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTAAAAAGCAGAGTGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTAGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa > 2:1626696‑M2/6‑135 (MQ=255) acgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa < 2:2349217‑M2/130‑1 (MQ=255) acgcTTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCa < 1:1047205‑M2/130‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAAGTTATCCATGGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCATATGAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGG > AssemblyC74_contig_54/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |