| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,113 | 0 | A | G | 79.6% | 3705.3 / inf | 1630 | N75N (AAT→AAC) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/189); new base G (610/677); total (757/873) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1630 total aligned reads displayed.
TCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCA > AssemblyC74_contig_12/58982‑59245 | gCTCCTTTGGTTAGACCTGACTGCTGAACGTTTCCATTGTCATCTTGTAAATCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGGTTTGGTCATAGATATTTGTCAACAAGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATtttct < 1:118025/135‑1 (MQ=21) CCTGTTGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTtttctttc > 1:2440252‑M1/1‑135 (MQ=255) GTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCGTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCaa < 2:347062‑M1/134‑1 (MQ=255) ttagaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGttt > 2:932697‑M1/65‑122 (MQ=255) 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TCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCA > AssemblyC74_contig_12/58982‑59245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |