| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_17 | 1 = | 0 (0.000) | 314 (0.570) | 75/248 | 1.0 | 100% | intergenic (–/‑262) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Protein of unknown function DUF421 |
| ? | AssemblyC74_contig_57 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
AGACTTTTTTGGAGTGGAGAAATCCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_17/131‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTTCCCT > AssemblyC74_contig_57/1‑134 AGACTTTTTTGGAGTGGAGAAATCCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATT < 2:3723783/135‑1AGACTTTTTTGGAGTGGAGAAATCCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATT < 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AGAAATCCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGC > 2:917913/1‑135 AGAAATCCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATT < 2:1752643/118‑1 aacTCCACTCCTTTATTTTATGCTCGAAAATGTTATTTTTACACAACCGTTTCGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTTATTTCTGTTTTCTCCGTTCTTTATTGTAGTAATAGATATATCT < 2:1705006/131‑1 CCACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGA < 2:1374754/135‑1 ACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATG < 1:2682102/135‑1 ACTCCTTTTTTTTATGCTCTAAAATGATATTTTTACACAACCGTTACGGTTGTTTTACGAAATTGGACGAGACTTTGCCAGTTTAATTTCTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATG < 2:795331/135‑1 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1:2880489/135‑1 CTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCG > 2:109349/1‑64 CTGTTTTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCG < 1:109349/64‑1 TTATCCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTA < 2:1360025/135‑1 CCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCA < 1:3541320/135‑1 CCGTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCA > 1:1184845/1‑135 GTTCATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGT < 1:2934915/135‑1 CATTATTGTAGTAATAGATATAGCTATCGATGGCTGATTTTAATTCCTCGAAACAGTTATAAACTTTCCCGTGAAAAATCTCTTGTTTTAATAAGCCAAAAAAATTCTCCATAAGTGAATTATCTAAGCAGTT > 2:2871713/1‑133 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |