| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_37 | = 1750 | 0 (0.000) | 483 (0.620) +AAAAAGT |
96/234 | 1.5 | 100% | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | FIG00632365: hypothetical protein/– |
| ? | AssemblyC74_contig_62 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 503 total aligned reads displayed.
CGATGGGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_37/1619‑1750‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCACACACATATCAAAACGTTAAAACGAATTGCTTATGGATTTCGCAGTTTCACCAATA > AssemblyC74_contig_62/1‑131 ||||||| CGATGGGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAA > 2:3893866/1‑135CGATGGGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTATTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAA > 2:143902/1‑135 GGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTC > 1:3091973/1‑135 GGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTC > 1:803538/1‑135 GGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTC > 1:3521664/1‑135 GGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTC > 1:1539743/1‑135 GGATACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCCTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTC > 1:185102/1‑135 TACTTTTCTCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTT > 1:3572036/1‑135 TCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATA > 1:2983664/1‑135 TCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATA > 1:1970186/1‑135 TCTAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATA > 1:761025/1‑135 TAAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATG > 2:2750758/1‑135 AAACAAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGA > 2:3928116/1‑135 AAATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAA > 1:3631749/1‑135 AATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAG > 2:1814957/1‑135 AATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAG < 1:3928116/135‑1 AATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAG < 2:3388107/135‑1 AATCTAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTCTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAACTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAG < 1:2638946/135‑1 TAATTCTTTCACCACGTCATTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAA > 1:3319337/1‑134 TTAAATAAGTCCTGTTTATCTTCTTGCGTAAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAA < 2:67853/135‑1 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AAGGTTTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATC > 1:1884561/1‑134 tgTGCTTGATGTCTACATCCAATGCTCTCCTTAACAATTCAACTCTTGTCAAAACAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGACTCTTCAC < 2:3679493/132‑1 TTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCAC < 2:1513144/134‑1 TTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCAC < 2:614113/134‑1 TTTGCTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCATTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCAC < 2:3241839/134‑1 CTTGATGTATTCATCCAATGCTTTCCTTAACAATTCATCTCTTGTCAAAAAAGTCTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCACACACA > 1:2697424/1‑135 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AssemblyC74_contig_37/1619‑1750‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTTTCAGATATGAAAAAGGAATTCAGCTAGCGTTTTCGAAAAAGTATTCTAACGCAAAATTAGAGAATCTTCACACACATATCAAAACGTTAAAACGAATTGCTTATGGATTTCGCAGTTTCACCAATA > AssemblyC74_contig_62/1‑131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |