| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | AssemblyC74_contig_53 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+2) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
AGATTTATATCGCTTTATTCGGATTTGACAGGTAAGTCCCATTTGGGACATTAATTTTCTAACTGTTTTATGATTGATTGTATATCCTTTCATCTTTAACGCTAAAGTGACTCTACGATAACCATAAGAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_52/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTGATTCTTTTACAATCGCTGTAATTTCTTGCTTTATCTTGCTATATTTATCTGGCTTATCTAATTTTTTTACCCAGTAATAATAAGTTGACTTCGCTAATTGTGCAATTGAAAGTAATAGATTCAATTTAAA > AssemblyC74_contig_53/1‑134 GATTTATATCGCTTTATTCGGATTTGACAGGTAAGTCCCATTTGGGACATTAATTTTCTAACTGTTTTATGATTGATTGTATATCCTTTCATCTTTAACGCTAAAGTGACTCTACGATAACCATAAGAGTTTCTT < 1:3289039/135‑1 GATTTATATCGCTTTATTCGGATTTGACAGGTAAGTCCCATTTGGGACATTAATTTTCTAACTGTTTTATGATTGATTGTATATCCTTTCATCTTTAACGCTAAAGTGACTCTACGATAACCATAAGAGTTTCTT > 2:2685541/1‑135 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> 2:510156/2‑135 TTTCTTGATTCTTTTACAATCGCTGTAATTTCTTGCTTTATCTTGCTATATTTATCTGGCTTATCTAATTTTTTTACCCAGTAATAATAAGTTGACTTCGCTAATTGTGCAATTG < 2:2434687/115‑1 TTCTTGATTCTTTTACAATCGCTGTAATTTCTTGCTTTATCTTGCTATATTTATCTGGCTTATCTAATTTTTTTACCCAGTAATAATAAGTTGACTTCGCTAATTGTGCAATTGAAAGTAATAGATTCAATTTAA < 2:2108599/135‑1 TCTTGATTCTTTTACAATCGCTGTAATTTCTTGCTTTATCTTGCTATATTTATCTGGCTTATCTAATTTTTTTACCCAGTAATAATAAGTTGTCTTCGCTAATTGTGCAATGGAAAGTAATAGATTCTATGTAga > 2:3047909/1‑133 AGATTTATATCGCTTTATTCGGATTTGACAGGTAAGTCCCATTTGGGACATTAATTTTCTAACTGTTTTATGATTGATTGTATATCCTTTCATCTTTAACGCTAAAGTGACTCTACGATAACCATAAGAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_52/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTGATTCTTTTACAATCGCTGTAATTTCTTGCTTTATCTTGCTATATTTATCTGGCTTATCTAATTTTTTTACCCAGTAATAATAAGTTGACTTCGCTAATTGTGCAATTGAAAGTAATAGATTCAATTTAAA > AssemblyC74_contig_53/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |