| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | AssemblyC74_contig_42 | = 1243 | 0 (0.000) | intergenic (‑13/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 2784 total aligned reads displayed.
AATGCTGAAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_42/1109‑1243 | taTGCTGTAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTcctcct < 1:1860987/134‑1 (MQ=255) gAAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCTggtat > 2:2540580‑M2/1‑129 (MQ=255) gAAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCTggtat > 1:1111391‑M2/1‑129 (MQ=255) gAAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCTggtat > 2:3140696‑M2/1‑129 (MQ=255) 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1:661247‑M2/1‑53 (MQ=255) aaaaaGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCTggtatgtttt < 2:3814596‑M2/51‑11 (MQ=255) ttCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCTggtatgtttt > 1:2966625‑M2/1‑26 (MQ=255) aaTTCCTCCTggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctat > 1:556164‑M2/1‑10 (MQ=255) aaTTCCTCCTggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagtta < 2:2299024‑M2/57‑48 (MQ=255) | AATGCTGAAGCCGTTAGTTCATATTCTCGAATGATTTCTACACGTGGCTTTCCAGCTAAGTAAAGATTGACGATTTGTTGCTTGAATTCTTGTGAAAAAGTTCTTCGTGTTCTCTTAGACATAAAAATTCCTCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_42/1109‑1243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |