| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AssemblyC74_contig_12 | 59,113 | A→G | N75N (AAT→AAC) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,113 | 0 | A | G | 78.1% | 4785.9 / inf | 2222 | N75N (AAT→AAC) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (210/275); new base G (806/926); total (1019/1203) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 2225 total aligned reads displayed.
ATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCA > AssemblyC74_contig_12/58981‑59245 | ttagaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGt < 1:501094‑M1/66‑1 (MQ=255) agaccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAAtt > 2:1933937‑M1/63‑133 (MQ=255) ccggtttgtagcttttctcctactcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatATCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACAAGACACAGCCAGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac < 2:1579396‑M1/75‑1 (MQ=255) ccggtttgtagcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTtttctttc > 2:3561343‑M1/60‑123 (MQ=255) 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ggtttgtagcgtttctccttctcgggtctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:3160418‑M1/78‑1 (MQ=255) GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 1:2880779‑M1/130‑1 (MQ=255) GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2340902‑M1/130‑1 (MQ=255) GCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTaccac < 2:2094653‑M1/130‑1 (MQ=255) gcgtttctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCt > 1:24969‑M1/50‑135 (MQ=255) ctccttctcggttctgtaactcaaaaacagctccttgcaggatTTCCCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTac < 2:258778‑M1/75‑1 (MQ=255) 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gACACCGCCTGGTGTAAGACGATTTTCTTTCGTCAATACTACCACCGCTTTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 2:2443463/135‑1 (MQ=255) gACACCGCCAGGTGTAAGTCGGTATTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTATCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCTCATCTAATTCATCCCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACAAGCTGATatgc < 1:1814073/135‑4 (MQ=25) ccGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 1:1402714/119‑1 (MQ=38) cGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAt > 1:2361916/1‑89 (MQ=255) cTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGc > 2:3701556/1‑79 (MQ=255) cTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGc < 1:3701556/79‑1 (MQ=255) ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2655799/1‑135 (MQ=25) ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc > 1:790060/1‑122 (MQ=37) ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 2:3440119/1‑135 (MQ=25) ggTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCt > 2:606269/1‑135 (MQ=255) ggTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCg < 2:3490527/76‑1 (MQ=255) aaGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAAcc > 2:3770112/1‑135 (MQ=25) | ATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGCAGGACTTCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCA > AssemblyC74_contig_12/58981‑59245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |