| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AACGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_2/291839‑291973 | aaCGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACCAATCGGGAGGCg < 2:1389474‑M1/136‑2 (MQ=255) cGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGCggt > 2:2295598‑M1/1‑133 (MQ=255) cGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGCggt > 1:2406588‑M1/1‑133 (MQ=255) gAAACATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGCggtagcgtcaaga < 2:841712‑M1/136‑14 (MQ=255) 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AACGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_2/291839‑291973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |