| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_35 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑99) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
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gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAggg > 2:919284‑M1/131‑136 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGa < 1:260661‑M1/3‑1 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGa > 2:260661‑M1/126‑128 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 1:2091459‑M1/126‑136 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 1:2121830‑M1/126‑136 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 2:93806‑M1/126‑136 (MQ=255) attatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 2:2186035‑M1/126‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:1539004‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:1767366‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:1381708‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:953024‑M1/124‑136 (MQ=255) agtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTAt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |