| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_24 | 1 = | 0 (0.000) | 252 (0.820) | 73/258 | 0.3 | 100% | intergenic (–/‑221) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Competence‑stimulating peptide ABC transporter ATP‑binding protein ComA |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑119) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑136 | ataatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGa > 2:895721‑M2/131‑136 (MQ=255)ataatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGa > 1:1850158‑M2/131‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGAtt > 2:1237713‑M2/129‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGAtt > 2:279689‑M2/129‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGAtt > 1:492378‑M2/129‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaataCCTCGAtt > 2:1206158‑M2/129‑136 (MQ=255) tacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTaaaa < 2:395812‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 1:2439349‑M2/13‑1 (MQ=255) acgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAAt < 1:854932‑M2/14‑1 (MQ=255) gatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTg > 2:1751065‑M2/121‑136 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gtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTaaaa > 2:565559‑M2/114‑126 (MQ=255) gtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCa > 2:2115296‑M2/114‑136 (MQ=255) gtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCa > 1:2109237‑M2/114‑136 (MQ=255) gtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCa < 2:1037908‑M2/23‑1 (MQ=255) gtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCa > 1:1005549‑M2/114‑136 (MQ=255) cctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCaa < 1:906606‑M2/24‑1 (MQ=255) 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ggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGc > 2:1626621‑M2/105‑135 (MQ=255) taacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttatgattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTctact > 1:261911‑M2/100‑136 (MQ=255) taacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGctc < 2:707491‑M2/33‑1 (MQ=255) taacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTctact > 1:644104‑M2/100‑136 (MQ=255) gatctacttcaaatattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcactaatgaatttggcaaaaaagatattaagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCTACACCTGCTctacta < 1:1906853‑M2/38‑1 (MQ=255) aacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaagtCCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTctacta < 1:986214‑M2/38‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |