| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | = 88613 | 104 (0.700) | 217 (1.190) | 64/258 | 0.2 | 80.7% | coding (224/300 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_24 | = 19315 | 0 (0.000) | intergenic (+87/–) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TGATGCTGGGATGATTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_24/19180‑19315 | tgatgCTGGGATGATTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTa > 1:1132645/1‑136 (MQ=255)tgatgCTGGGATGATTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTa > 1:646366/1‑136 (MQ=255) tGCTGGGATGATTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAga > 1:186625‑M2/1‑133 (MQ=255) gggATGATTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcg > 1:1084209‑M2/1‑129 (MQ=255) gatgatTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgt > 1:2069626‑M2/1‑127 (MQ=255) tgatTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaa < 1:1758832‑M2/136‑12 (MQ=255) atTGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaat > 2:2125259‑M2/1‑123 (MQ=255) ttGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaata > 1:505099‑M2/1‑122 (MQ=255) ttGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaat > 1:870270‑M2/1‑122 (MQ=255) ttGGGGCAGTGTATCAGTTGATTAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaat > 2:1096767‑M2/1‑122 (MQ=255) 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1:823421‑M2/136‑37 (MQ=255) tAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaatatcttgtgtaaatgcataaaaga < 2:2404012‑M2/136‑37 (MQ=255) tAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaatatcttgtgtaaatgcataaaaga < 2:2079671‑M2/136‑37 (MQ=255) tAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaatatcttgtgtaaatgcataaaaga < 2:2039903‑M2/136‑37 (MQ=255) tAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaatatcttgtgtaaatgcataaaaga < 1:2151208‑M2/136‑37 (MQ=255) tAAGCGTGGTTAAAAAGGCGGATCAAACTGGTTTATTAAAATAGGGTGACACGTATTTTAATTTAAAAAATGAAAAAGCTTGAATGCTAGATGTTTTTTAgagagcgtaaaatatcttgtgtaaatgcataaaaga < 2:543355‑M2/136‑37 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |