| Predicted mutation | ||||||
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| RA | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | 88,588 | G→A | N83N (AAC→AAT) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | 88,588 | 0 | G | A | 90.8% | 5167.7 / inf | 1569 | N83N (AAC→AAT) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/88); new base A (708/711); total (766/803) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1599 total aligned reads displayed.
TTTGGGCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTTAGAAATCTTTTGTGCGTTTACACAAGATATTTTACGCTCTCCACTAAAGGATCGGGTATCATCCGCAACGATAGTGGCGTAGTCTTGTAGATAAATCCAAGCGACTAAATCATACTTATCATGAAAATGATAGTAGAAAGCTTGTGGGG > TrimmedAssembly_T66_contig_1/88454‑88721 | ttGGGCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCAtt > 1:1034959/1‑136 (MQ=255) ttGGGCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCAtt < 1:1165407/136‑1 (MQ=255) gCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCATTTac > 1:706576/1‑135 (MQ=255) tAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCATTTacac < 1:1774135/135‑1 (MQ=255) 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2:707399‑M1/136‑107 (MQ=255) | TTTGGGCTAGTGCAGCGATAATTTCTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTTAGAAATCTTTTGTGCGTTTACACAAGATATTTTACGCTCTCCACTAAAGGATCGGGTATCATCCGCAACGATAGTGGCGTAGTCTTGTAGATAAATCCAAGCGACTAAATCATACTTATCATGAAAATGATAGTAGAAAGCTTGTGGGG > TrimmedAssembly_T66_contig_1/88454‑88721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |