| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
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GTTAATCGCTTAACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATAACTTGTCAACAACTATTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAG > 1:880644/1‑136 TCGCTTAACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTT < 1:1515792/136‑1 TCGCTTAACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTT < 1:507421/136‑1 TCGCTTAACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTT < 1:2055609/136‑1 CGCTTAACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTAATGAAGAAGTTG > 2:2221328/1‑136 ACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 1:1801373/1‑136 ACACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 1:1193264/1‑136 CACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 1:1773316/1‑135 CACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 2:2261425/1‑135 CACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 1:117422/1‑135 ACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 2:739355/1‑134 ACAACTTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACA > 1:1460376/1‑134 TTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACAACTAATT > 1:1227643/1‑136 TTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACAACTAATT > 2:1281083/1‑136 ‑CGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGATCTAATTCCGTGCGTTAATCGCTTAACACAACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_17/66738‑66610‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgttaatcgcttaacacaactTAATCATCATAACATCTTAATCAATATCTTGTCAACAACTTTTTTTAAGAAGTAACTTGATTAATTTGTCGTGGTTGCCGTTGCGACAACAGAAACTATCTTACCAATTACTGAAGAAGTTGTCAACAACTAATT > TrimmedAssembly_T66_contig_5/25‑159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |