| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | 1 = | 0 (0.000) | 174 (0.630) | 61/260 | 0.3 | 100% | intergenic (–/‑2) | –/rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_35 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑99) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCAGA > TrimmedAssembly_T66_contig_1/1‑136 | gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAggg < 2:1697354‑M1/6‑1 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 2:157987‑M1/126‑136 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa < 2:2062659‑M1/11‑1 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa < 2:1030603‑M1/11‑1 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:2019465‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:2159161‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 2:2466334‑M1/124‑136 (MQ=255) agtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTAt > 2:779210‑M1/121‑136 (MQ=255) aagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGa > 2:2202375‑M1/118‑135 (MQ=255) aagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGa > 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tgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTac < 1:2545272‑M1/22‑1 (MQ=255) tgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTac < 1:564424‑M1/22‑1 (MQ=255) tgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTac < 1:1283944‑M1/22‑1 (MQ=255) ttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTAcacc > 2:2521182‑M1/111‑135 (MQ=255) agctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTaa > 2:1952892‑M1/107‑136 (MQ=255) gctcataccggatacctcgaattggttgatttggtcgttaatcatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTaaa < 2:1841633‑M1/31‑1 (MQ=255) 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ccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGaa < 1:1665650‑M1/38‑1 (MQ=255) ccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGaa < 2:105092‑M1/38‑1 (MQ=255) ccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGaa < 1:223821‑M1/38‑1 (MQ=255) ccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGaa < 2:1479738‑M1/38‑1 (MQ=255) tacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACt > 2:795892‑M1/94‑136 (MQ=255) acctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACtt < 1:1990169‑M1/44‑1 (MQ=255) cctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTa < 1:730973‑M1/45‑1 (MQ=255) cctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTa < 1:2228658‑M1/45‑1 (MQ=255) cctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTa < 2:353490‑M1/45‑1 (MQ=255) cctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTa < 1:1794326‑M1/45‑1 (MQ=255) ctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTAt > 1:1056366‑M1/91‑136 (MQ=255) ctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTAt > 2:1823013‑M1/91‑136 (MQ=255) 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1:1131131‑M1/122‑1 (MQ=255) ttgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGaa < 2:1540727‑M1/122‑1 (MQ=255) ttgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGaa < 1:1109115‑M1/122‑1 (MQ=255) ttcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATaa > 1:353490‑M1/7‑136 (MQ=255) tcgccGGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATa < 1:413601‑M1/129‑1 (MQ=255) ggAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCAGa > 2:2104233/1‑136 (MQ=255) ggAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCAGa > 1:96243/1‑136 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCAGA > TrimmedAssembly_T66_contig_1/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |