| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_24 | 1 = | 0 (0.000) | 225 (0.690) | 70/260 | 0.4 | 100% | intergenic (–/‑221) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Competence‑stimulating peptide ABC transporter ATP‑binding protein ComA |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑119) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑136 | acataatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTc > 1:1952184‑M2/133‑136 (MQ=255) gaatttcacgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCg < 2:1004321‑M2/5‑1 (MQ=255) ataatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGa > 2:888862‑M2/131‑136 (MQ=255) ataatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGa > 1:2477433‑M2/131‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGAtt > 2:1776290‑M2/129‑136 (MQ=255) aatcttacgatgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGAtt > 1:793669‑M2/129‑136 (MQ=255) acgaacatctttggtggcttgatttgaacaactgaaaaaattgaaaatgtgatgataagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 2:2115841‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 1:2271797‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 2:1678979‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 2:1198351‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaactgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 1:2003682‑M2/13‑1 (MQ=255) acgaacatcgttggtggcgggattggaacaaatgcaaaaattgaaaatgtgatgctaagatttaagcaaatcacgaatgaatttggcaaaaaagagattcagctatgacggaaaaattaaaagCCTCGATTTaaaa < 1:1139440‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactcgctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGaa > 2:44851‑M2/119‑136 (MQ=255) gaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAg < 2:2111768‑M2/19‑1 (MQ=255) gaatgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAg < 1:695627‑M2/19‑1 (MQ=255) tgtcctcatcaggcttaacggttaaacatcaactagctagcattggtatttgacgttaagagaacgtttttttacttttataattttttcaacaatctggtaaaaaaataaattCCTCGATTTAAAATTGAAGTGc < 2:630719‑M2/22‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCGATTTAAAATTGAAGTGCAACACCTGCTCTACTAGACCAGTTCTTTATTCAGACTAGTCAAAAAGGCCATGAAGACCTATTCTTAATTCACCACAAACAAGAAAGAGGTATCTTCATGACCCGAATTAAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |