New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_3 | 176059 = | 210 (0.820) | 149 (0.630) | 68/240 | 0.4 | 41.8% | coding (556/804 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | hypothetical protein |
? | TrimmedAssembly_T66_contig_3 | = 178058 | 221 (0.930) | coding (242/633 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Aggregation promoting factor |
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
GTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGAAACCG > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177923‑178193 | gTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCtgtg > 2:1117363/1‑136 (MQ=255) ttGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGt > 1:47329‑M2/1‑134 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 2:498272‑M2/1‑132 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 1:339600‑M2/1‑132 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaa < 1:1136804‑M2/136‑6 (MQ=255) tcgtcTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaag < 2:2069083‑M2/135‑7 (MQ=255) cgtcTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaag > 1:1256572‑M2/1‑128 (MQ=255) cgtcTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaag > 2:2045121‑M2/1‑128 (MQ=255) cgtcTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaag > 1:1766503‑M2/1‑128 (MQ=255) gtcTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcg > 1:2236802‑M2/1‑127 (MQ=255) cTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgtt > 1:2481339‑M2/1‑125 (MQ=255) cTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTg < 2:1859713/136‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTg < 1:10031/134‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTg > 2:10031/1‑134 (MQ=255) gAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGt > 2:1314130/1‑136 (MQ=255) gcagcaGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAg > 1:1417712/1‑136 (MQ=255) 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ttGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttga > 1:6927‑M2/1‑104 (MQ=255) ttGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACt < 1:1981231/136‑1 (MQ=255) ttGTGTTTGACTTGAGTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgat > 2:1392302‑M2/1‑104 (MQ=255) tgtTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGATTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTATGAATAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTTAAGTCGTGTTAGTGCTATAACAATATACTTCa > 2:343268/1‑136 (MQ=255) gtTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCaa > 1:824181/1‑136 (MQ=255) cTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAgttgtt < 1:1854084/136‑1 (MQ=255) 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gatgatTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCaa < 2:696657/136‑1 (MQ=255) gatgatTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCaa < 2:2315611/136‑1 (MQ=255) gatgagTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCaa < 2:2565835/136‑1 (MQ=255) tgatTGTGTCGTTGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAAtc < 2:120630/136‑1 (MQ=255) atTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagc < 1:651174‑M2/136‑104 (MQ=255) atTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagc < 2:2341572‑M2/136‑104 (MQ=255) 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ttGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAAtcgtc < 1:1314130/136‑1 (MQ=255) gtgtCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATcgtcgt < 2:2475314/136‑1 (MQ=255) gtgtCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATcgtcgt < 2:1341237/136‑1 (MQ=255) tCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAAtcgtc > 1:2504413/1‑125 (MQ=255) ttgttgAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATcagca < 1:2300625/136‑1 (MQ=255) ttgttgAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATcagca < 1:1385646/136‑1 (MQ=255) ttgAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGt < 1:1595708/89‑1 (MQ=255) gtcTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgattgcgttgagcttgctgaag > 2:374608‑M2/1‑7 (MQ=255) cTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGa < 1:2197139/135‑1 (MQ=255) gttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgattgcgttgagcttgctgaagaagca > 1:1889433‑M2/1‑1 (MQ=255) gtTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATAGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGAAACCg > 2:7795/1‑136 (MQ=255) | GTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGAAACCG > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177923‑178193 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |